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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k2w | |||||||||
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タイトル | Structure of CXCR3 complexed with antagonist AMG487 | |||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / G protein coupled receptor / chemokine receptor / CXCR3 / AMG487 / complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / regulation of leukocyte migration / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / C-X-C chemokine binding / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / chemokine binding / G protein-coupled opioid receptor activity ...dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / regulation of leukocyte migration / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / C-X-C chemokine binding / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / chemokine binding / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / C-X-C chemokine receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / chemokine receptor activity / positive regulation of dopamine secretion / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / conditioned place preference / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / maternal behavior / negative regulation of execution phase of apoptosis / C-C chemokine binding / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of p38MAPK cascade / eating behavior / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of endothelial cell proliferation / behavioral response to cocaine / estrous cycle / neuropeptide signaling pathway / regulation of cell adhesion / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / sensory perception of pain / T-tubule / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / Peptide ligand-binding receptors / cell chemotaxis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / calcium-mediated signaling / cellular response to glucose stimulus / electron transport chain / response to nicotine / response to insulin / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic vesicle membrane / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor activity / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / cellular response to lipopolysaccharide / postsynaptic membrane / perikaryon / angiogenesis / response to ethanol / defense response to virus / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / inflammatory response / neuron projection / iron ion binding / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / apoptotic process / dendrite / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Jiao, H.Z. / Hu, H.L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure basis for the modulation of CXC chemokine receptor 3 by antagonist AMG487. 著者: Haizhan Jiao / Bin Pang / Ying-Chih Chiang / Qiang Chen / Qi Pan / Ruobing Ren / Hongli Hu / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36841MC ![]() 8k2xC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-抗体 / タンパク質 , 2種, 2分子 NR
#1: 抗体 | 分子量: 18665.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 56327.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: cybC, CXCR3, OPRK1, OPRK 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P49682, UniProt: P41145 |
-非ポリマー , 4種, 4分子 ![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/PCW.gif)
![](data/chem/img/LPC.gif)
![](data/chem/img/FI6.gif)
![](data/chem/img/PCW.gif)
![](data/chem/img/LPC.gif)
![](data/chem/img/FI6.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CLR / |
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#4: 化合物 | ChemComp-PCW / |
#5: 化合物 | ChemComp-LPC / [ |
#6: 化合物 | ChemComp-FI6 / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CXCR3-KOR-AMG487-Nb6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
撮影 | 電子線照射量: 51.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 834686 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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