PDB-8jx3: alpha-Hemolysin(G122S/K147R/K237C)-SpyTag/SpyCatcher head to head...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jx3

タイトル

alpha-Hemolysin(G122S/K147R/K237C)-SpyTag/SpyCatcher head to head 14-mer

要素

alpha hemolysin fused with spy-catcher
alpha hemolysin fused with spy-tag

キーワード

TOXIN / pore / chimera protein / spy-catcher / spy-tag / dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis in another organism / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ishii, Y. / Naito, K. / Yokoyama, T. / Tanaka, Y. / Matsuura, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: alpha-Hemolysin(G122S/K147R)-SpyTag/SpyCatcher head to head 14-mer
著者: Ishii, Y. / Naito, K. / Yokoyama, T. / Tanaka, Y. / Matsuura, T.

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jx3.cif.gz	716.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jx3.ent.gz	595.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jx3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jx3_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jx3_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8jx3_validation.xml.gz	110.6 KB	表示
CIF形式データ	8jx3_validation.cif.gz	168.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/8jx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/8jx3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	36689MC 36688C 8jx2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (9) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (2) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (9)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (2)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: alpha hemolysin fused with spy-catcher

B: alpha hemolysin fused with spy-catcher

C: alpha hemolysin fused with spy-catcher

D: alpha hemolysin fused with spy-catcher

E: alpha hemolysin fused with spy-catcher

F: alpha hemolysin fused with spy-catcher

G: alpha hemolysin fused with spy-catcher

H: alpha hemolysin fused with spy-tag

I: alpha hemolysin fused with spy-tag

J: alpha hemolysin fused with spy-tag

K: alpha hemolysin fused with spy-tag

L: alpha hemolysin fused with spy-tag

M: alpha hemolysin fused with spy-tag

N: alpha hemolysin fused with spy-tag

586 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	alpha hemolysin fused with spy-catcher / Alpha-HL / Alpha-toxin 分子量: 46977.469 Da / 分子数: 7 / 変異: G122S,K147R,K237C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 300-412:SpyCatcher 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: hly, hla / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09616
#2: タンパク質	alpha hemolysin fused with spy-tag / Alpha-HL / Alpha-toxin 分子量: 36777.898 Da / 分子数: 7 / 変異: G122S,K147R,K237C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 300-315:SpyTag 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: hly, hla / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09616
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: heptameric alpha hemolysin (K237C) pore dimerized by spy-catcher and spy-tag
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.6 / 詳細: 20mM HEPES-KOH[pH7.6], 50mM Potassium glutamate

緩衝液成分

ID	濃度	名称	Buffer-ID
1	20 mM	HEPES-KOH	1
2	50 mM	Potassium glutamate	1

試料

濃度: 0.58 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	PHENIX	1.19.2_4158:	モデル精密化
11	cryoSPARC	4.2.1	最終オイラー角割当

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 349752 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	33554
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.595	45440
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.636	4438
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.049	4872
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	5866

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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