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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jrq | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of E6AP-E6 complex in Det1 state | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE/ONCOPROTEIN / Complex / Viral protein / Tumor / LIGASE-ONCOPROTEIN complex | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / symbiont-mediated suppression of host transcription / motor learning / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / regulation of proteolysis ...sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / symbiont-mediated suppression of host transcription / motor learning / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / regulation of proteolysis / activation of GTPase activity / androgen receptor signaling pathway / locomotory exploration behavior / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / progesterone receptor signaling pathway / ovarian follicle development / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / proteasome complex / positive regulation of protein ubiquitination / response to cocaine / response to progesterone / PDZ domain binding / response to hydrogen peroxide / brain development / regulation of circadian rhythm / regulation of synaptic plasticity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / host cell cytoplasm / transcription coactivator activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / host cell nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / DNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.15 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Yu, X. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural insights into the functional mechanism of the ubiquitin ligase E6AP. 著者: Zhen Wang / Fengying Fan / Zhihai Li / Fei Ye / Qingxia Wang / Rongchao Gao / Jiaxuan Qiu / Yixin Lv / Min Lin / Wenwen Xu / Cheng Luo / Xuekui Yu / 要旨: E6AP dysfunction is associated with Angelman syndrome and Autism spectrum disorder. Additionally, the host E6AP is hijacked by the high-risk HPV E6 to aberrantly ubiquitinate the tumor suppressor ...E6AP dysfunction is associated with Angelman syndrome and Autism spectrum disorder. Additionally, the host E6AP is hijacked by the high-risk HPV E6 to aberrantly ubiquitinate the tumor suppressor p53, which is linked with development of multiple types of cancer, including most cervical cancers. Here we show that E6AP and the E6AP/E6 complex exist, respectively, as a monomer and a dimer of the E6AP/E6 protomer. The short α1-helix of E6AP transforms into a longer helical structure when in complex with E6. The extended α1-helices of the dimer intersect symmetrically and contribute to the dimerization. The two protomers sway around the crossed region of the two α1-helices to promote the attachment and detachment of substrates to the catalytic C-lobe of E6AP, thus facilitating ubiquitin transfer. These findings, complemented by mutagenesis analysis, suggest that the α1-helix, through conformational transformations, controls the transition between the inactive monomer and the active dimer of E6AP. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jrq.cif.gz | 304 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jrq.ent.gz | 241.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jrq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jrq_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jrq_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jrq_validation.xml.gz | 59.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jrq_validation.cif.gz | 88.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jrq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36602MC 8jrnC 8jroC 8jrpC 8jrrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19157.135 Da / 分子数: 2 / 変異: C87S/C104S/C118S/C147S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス) 遺伝子: E6 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P03126 #2: タンパク質 | 分子量: 100779.445 Da / 分子数: 2 / 変異: C843A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE3A, E6AP, EPVE6AP, HPVE6A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q05086, HECT-type E3 ubiquitin transferase #3: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E6AP-E6 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2, #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22398 / 対称性のタイプ: POINT |