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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jkb | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of KCTD5 in complex with Gbeta gamma subunits | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / ubiquitination / GPCR signaling | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cul3-RING ubiquitin ligase complex / cullin family protein binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / protein homooligomerization / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway ...Cul3-RING ubiquitin ligase complex / cullin family protein binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / protein homooligomerization / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, S. / Jiang, W. / Wang, W. / Kong, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structural basis for the ubiquitination of G protein βγ subunits by KCTD5/Cullin3 E3 ligase. 著者: Wentong Jiang / Wei Wang / Yinfei Kong / Sanduo Zheng / 要旨: G protein-coupled receptor (GPCR) signaling is precisely controlled to avoid overstimulation that results in detrimental consequences. Gβγ signaling is negatively regulated by a Cullin3 (Cul3)- ...G protein-coupled receptor (GPCR) signaling is precisely controlled to avoid overstimulation that results in detrimental consequences. Gβγ signaling is negatively regulated by a Cullin3 (Cul3)-dependent E3 ligase, KCTD5, which triggers ubiquitination and degradation of free Gβγ. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of the KCTD5-Gβγ fusion complex and the KCTD7-Cul3 complex. KCTD5 in pentameric form engages symmetrically with five copies of Gβγ through its C-terminal domain. The unique pentameric assembly of the KCTD5/Cul3 E3 ligase places the ubiquitin-conjugating enzyme (E2) and the modification sites of Gβγ in close proximity and allows simultaneous transfer of ubiquitin from E2 to five Gβγ subunits. Moreover, we show that ubiquitination of Gβγ by KCTD5 is important for fine-tuning cyclic adenosine 3´,5´-monophosphate signaling of GPCRs. Our studies provide unprecedented insights into mechanisms of substrate recognition by unusual pentameric E3 ligases and highlight the KCTD family as emerging regulators of GPCR signaling. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jkb.cif.gz | 445 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jkb.ent.gz | 352.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jkb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jkb_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jkb_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jkb_validation.xml.gz | 67.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jkb_validation.cif.gz | 100.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/8jkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/8jkb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36367MC 8i79C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41088.762 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62873 #2: タンパク質 | 分子量: 10228.731 Da / 分子数: 5 / Mutation: C68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59768 #3: タンパク質 | 分子量: 30780.623 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kctd5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8VC57 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of KCTD5 in complex with G protein betagamma subunits タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.32 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49.71 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2484234 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99265 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 188.6 / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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