[日本語] English
万見
- PDB-8jh2: RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1, Spt4/5 and ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jh2
タイトルRNA polymerase II elongation complex bound with Elf1, Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome
要素
  • (DNA (218-MER)) x 2
  • (DNA (40-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
  • (RNA polymerase II ...) x 4
  • (RNA polymerase subunit ...) x 4
  • (Transcription elongation factor ...) x 3
  • DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
  • Histone H2A type 1-B/E
  • Histone H2B type 1-J
  • Histone H3.3
  • Histone H4
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*G)-3')
キーワードTranscription/DNA/RNA / Transcription-DNA-RNA complex / RNAPII / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of septum digestion after cytokinesis / co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / Barr body / RNA polymerase I core binding / DSIF complex / regulation of rRNA processing ...negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of septum digestion after cytokinesis / co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / Barr body / RNA polymerase I core binding / DSIF complex / regulation of rRNA processing / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / intracellular mRNA localization / negative regulation of chromosome condensation / rDNA heterochromatin / RPB4-RPB7 complex / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / muscle cell differentiation / intracellular phosphate ion homeostasis / snRNP binding / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / chromatin-protein adaptor activity / U4 snRNA binding / transcription elongation factor activity / oocyte maturation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nucleosomal DNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nucleus organization / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / spliceosomal complex assembly / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of translational initiation / chromosome, centromeric region / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U5 snRNA binding / spermatid development / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / single fertilization / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / pericentric heterochromatin / transcription elongation by RNA polymerase I / U1 snRNA binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / negative regulation of megakaryocyte differentiation / translesion synthesis / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / transcription-coupled nucleotide-excision repair / translation initiation factor binding / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / embryo implantation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / positive regulation of autophagy / telomere organization / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / transcription elongation factor complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs
類似検索 - 分子機能
Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / : ...Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / : / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / S1 RNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase subunit ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit / Transcription elongation factor SPT4 / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Histone H4 / Histone H3.3
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Komagataella phaffii (菌類)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å
データ登録者Akatsu, M. / Fujita, R. / Ogasawara, M. / Ehara, H. / Kujirai, T. / Takizawa, Y. / Sekine, S. / Kurumizaka, H.
資金援助 日本, 10件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19K06522 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K15711 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05534 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23H05475 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR16G1 日本
Japan Science and TechnologyJPMJSP2108 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121009 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of RNA polymerase II-nucleosome complexes rewrapping transcribed DNA.
著者: Munetaka Akatsu / Haruhiko Ehara / Tomoya Kujirai / Risa Fujita / Tomoko Ito / Ken Osumi / Mitsuo Ogasawara / Yoshimasa Takizawa / Shun-Ichi Sekine / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: RNA polymerase II (RNAPII) transcribes DNA wrapped in the nucleosome by stepwise pausing, especially at nucleosomal superhelical locations -5 and -1 [SHL(-5) and SHL(-1), respectively]. In the ...RNA polymerase II (RNAPII) transcribes DNA wrapped in the nucleosome by stepwise pausing, especially at nucleosomal superhelical locations -5 and -1 [SHL(-5) and SHL(-1), respectively]. In the present study, we performed cryo-electron microscopy analyses of RNAPII-nucleosome complexes paused at a major nucleosomal pausing site, SHL(-1). We determined two previously undetected structures, in which the transcribed DNA behind RNAPII is sharply kinked at the RNAPII exit tunnel and rewrapped around the nucleosomal histones in front of RNAPII by DNA looping. This DNA kink shifts the DNA orientation toward the nucleosome, and the transcribed DNA region interacts with basic amino acid residues of histones H2A, H2B, and H3 exposed by the RNAPII-mediated nucleosomal DNA peeling. The DNA loop structure was not observed in the presence of the transcription elongation factors Spt4/5 and Elf1. These RNAPII-nucleosome structures provide important information for understanding the functional relevance of DNA looping during transcription elongation in the nucleosome.
履歴
登録2023年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: DNA (40-MER)
1: DNA (40-MER)
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
D: RNA polymerase II subunit B32
E: RNA polymerase subunit ABC27
F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
G: RNA polymerase II subunit
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
K: RNA polymerase II subunit B12.5
L: RNA polymerase subunit ABC10-alpha
M: Transcription elongation factor 1 homolog
N: DNA (218-MER)
P: RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*G)-3')
T: DNA (218-MER)
V: Transcription elongation factor SPT4
W: Transcription elongation factor SPT5
a: Histone H3.3
b: Histone H4
c: Histone H2A type 1-B/E
d: Histone H2B type 1-J
e: Histone H3.3
f: Histone H4
g: Histone H2A type 1-B/E
h: Histone H2B type 1-J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)917,57039
ポリマ－916,89128
非ポリマー67811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 01NT

#1: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12306.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12316.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#16: DNA鎖 DNA (218-MER)


分子量: 70594.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#18: DNA鎖 DNA (218-MER)


分子量: 70193.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R4Y0, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4QZQ7, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QPE6

-
RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

#5: タンパク質 RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core


分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R7L2
#6: タンパク質 RNA polymerase II subunit B32


分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R2U9
#9: タンパク質 RNA polymerase II subunit


分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R9A1
#13: タンパク質 RNA polymerase II subunit B12.5


分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R3Z5

-
RNA polymerase subunit ... , 4種, 4分子 EFJL

#7: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC27 / RNA polymerases I / II / and III


分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R3P8
#8: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R1V1
#12: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R009
#14: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-alpha


分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QMI1

-
タンパク質 , 5種, 9分子 Haebfcgdh

#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R273
#21: タンパク質 Histone H3.3


分子量: 15360.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H3-3A, H3.3A, H3F3, H3F3A, PP781, H3-3B, H3.3B, H3F3B
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84243
#22: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#23: タンパク質 Histone H2A type 1-B/E


分子量: 14165.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908
#24: タンパク質 Histone H2B type 1-J / Histone H2B.1 / Histone H2B.r / H2B/r


分子量: 13935.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2BJ, H2BFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899

-
Transcription elongation factor ... , 3種, 3分子 MVW

#15: タンパク質 Transcription elongation factor 1 homolog


分子量: 12395.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4QZ45
#19: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4


分子量: 12627.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: SPT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QTA2
#20: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5


分子量: 101248.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr3_1136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R370

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#17: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*G)-3')


分子量: 5124.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 11分子

#25: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA polymerase II - nucleosome complexCOMPLEX#1-#240MULTIPLE SOURCES
2RNA polymerase IICOMPLEX1NATURAL
3HistonesCOMPLEX1RECOMBINANT
4DNACOMPLEX1RECOMBINANT
5RNACOMPLEX1SYNTHETIC
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
41NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Komagataella phaffii (菌類)460519
22Homo sapiens (ヒト)9606
33synthetic construct (人工物)32630
44synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Escherichia coli (大腸菌)562
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES-KOH(pH7.5)1
250 mMPotassium acetateCH3COOK1
3200 nMZinc acetate(CH3COO)2Zn1
40.1 mMTCEP-HCl1
試料濃度: 0.09144 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: dsDNA concentration is 0.09144 mg/mL. This sample contains 0.005% Tween20.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 59.84 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74079 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る