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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j8f | ||||||
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タイトル | Monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 in complex with a DNA duplex and dCTP | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Monkeypox virus / DNA replication holoenzyme / DNA replication machinery / DNA polymerase / B-family DNA polymerase / uracil-DNA glycosylase / MPXV / orthopoxvirus / poxviridae / DNA processivity factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA recombination / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase ...nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA recombination / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) DNA molecule (その他) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, Y. / Wu, Y. / Wu, X. / Zhang, Y. / Yang, Y. / Li, D. / Yang, B. / Gao, K. / Zhang, Z. / Dong, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2024 タイトル: Structural basis of human mpox viral DNA replication inhibition by brincidofovir and cidofovir. 著者: Yunxia Xu / Yaqi Wu / Xiaoying Wu / Yuanyuan Zhang / Yaxue Yang / Danyang Li / Biao Yang / Kaiting Gao / Zhengyu Zhang / Changjiang Dong / 要旨: Mpox virus has wildly spread over 108 non-endemic regions in the world since May 2022. DNA replication of mpox is performed by DNA polymerase machinery F8-A22-E4, which is known as a great drug ...Mpox virus has wildly spread over 108 non-endemic regions in the world since May 2022. DNA replication of mpox is performed by DNA polymerase machinery F8-A22-E4, which is known as a great drug target. Brincidofovir and cidofovir are reported to have broad-spectrum antiviral activity against poxviruses, including mpox virus in animal models. However, the molecular mechanism is not understood. Here we report cryogenic electron microscopy structures of mpox viral F8-A22-E4 in complex with a DNA duplex, or dCTP and the DNA duplex, or cidofovir diphosphate and the DNA duplex at resolution of 3.22, 2.98 and 2.79 Å, respectively. Our structural work and DNA replication inhibition assays reveal that cidofovir diphosphate is located at the dCTP binding position with a different conformation to compete with dCTP to incorporate into the DNA and inhibit DNA synthesis. Conformation of both F8-A22-E4 and DNA is changed from the pre-dNTP binding state to DNA synthesizing state after dCTP or cidofovir diphosphate is bound, suggesting a coupling mechanism. This work provides the structural basis of DNA synthesis inhibition by brincidofovir and cidofovir, providing a rational strategy for new therapeutical development for mpox virus and other pox viruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j8f.cif.gz | 369.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j8f.ent.gz | 286.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j8f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8j8f_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8j8f_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8j8f_validation.xml.gz | 56.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8j8f_validation.cif.gz | 82.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/8j8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/8j8f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36068MC 8j86C 8j8gC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 120041.156 Da / 分子数: 1 / 変異: L108F, W411L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: F8L 発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) 参照: UniProt: Q5IXW8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27883.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: E4R 発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) 参照: UniProt: Q5IXS4, uracil-DNA glycosylase |
#3: タンパク質 | 分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: A22R 発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) 参照: UniProt: Q5IXP2 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#4: DNA鎖 | 分子量: 7438.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 11605.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
-非ポリマー , 2種, 4分子
#6: 化合物 | ChemComp-DCP / |
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#7: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 in complex with a DNA duplex and dCTP タイプ: COMPLEX / 詳細: F8-A22-E4 in complex with a DNA duplex and dCTP / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 191 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 7 詳細: 25 mM MOPS, pH 7.0, 200 mM NaCl, 5% (w/v) glycerol, 1 mM TCEP |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: F8-A22-E4 in complex with a DNA duplex and dCTP |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected movies are corrected with motion correct | ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 詳細: 15,938,666 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1057305 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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