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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iwm | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the PEA-bound mTAAR9 complex | ||||||
要素 | Trace amine-associated receptor 9 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / PEA / mTAAR9 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Amine ligand-binding receptors / trace-amine receptor activity / G alpha (s) signalling events / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, J.P. / Li, Q. / Yang, F. / Xu, Y.F. / Guo, L.L. / Lian, S. / Zhang, M.H. / Rong, N.K. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural basis of amine odorant perception by a mammal olfactory receptor. 著者: Lulu Guo / Jie Cheng / Shuo Lian / Qun Liu / Yan Lu / Yuan Zheng / Kongkai Zhu / Minghui Zhang / Yalei Kong / Chao Zhang / Naikang Rong / Yuming Zhuang / Guoxing Fang / Jingjing Jiang / ...著者: Lulu Guo / Jie Cheng / Shuo Lian / Qun Liu / Yan Lu / Yuan Zheng / Kongkai Zhu / Minghui Zhang / Yalei Kong / Chao Zhang / Naikang Rong / Yuming Zhuang / Guoxing Fang / Jingjing Jiang / Tianyao Zhang / Xiang Han / Zili Liu / Ming Xia / Shangming Liu / Lei Zhang / Stephen D Liberles / Xiao Yu / Yunfei Xu / Fan Yang / Qian Li / Jin-Peng Sun / 要旨: Odorants are detected as smell in the nasal epithelium of mammals by two G-protein-coupled receptor families, the odorant receptors and the trace amine-associated receptors (TAARs). TAARs emerged ...Odorants are detected as smell in the nasal epithelium of mammals by two G-protein-coupled receptor families, the odorant receptors and the trace amine-associated receptors (TAARs). TAARs emerged following the divergence of jawed and jawless fish, and comprise a large monophyletic family of receptors that recognize volatile amine odorants to elicit both intraspecific and interspecific innate behaviours such as attraction and aversion. Here we report cryo-electron microscopy structures of mouse TAAR9 (mTAAR9) and mTAAR9-G or mTAAR9-G trimers in complex with β-phenylethylamine, N,N-dimethylcyclohexylamine or spermidine. The mTAAR9 structures contain a deep and tight ligand-binding pocket decorated with a conserved DWY motif, which is essential for amine odorant recognition. In the mTAAR9 structure, a unique disulfide bond connecting the N terminus to ECL2 is required for agonist-induced receptor activation. We identify key structural motifs of TAAR family members for detecting monoamines and polyamines and the shared sequence of different TAAR members that are responsible for recognition of the same odour chemical. We elucidate the molecular basis of mTAAR9 coupling to G and G by structural characterization and mutational analysis. Collectively, our results provide a structural basis for odorant detection, receptor activation and G coupling of an amine olfactory receptor. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iwm.cif.gz | 61.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iwm.ent.gz | 44.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iwm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8iwm_validation.pdf.gz | 1017.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8iwm_full_validation.pdf.gz | 1018.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8iwm_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8iwm_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iwm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35771MC 8itfC 8iw1C 8iw4C 8iw7C 8iw9C 8iweC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38928.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Taar9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q5QD04 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PEA / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of the PEA-bound mTAAR9 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.875 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 463012 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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