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- PDB-8iuj: Cryo-EM structure of Euglena gracilis super-complex III2+IV2, com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iuj
タイトルCryo-EM structure of Euglena gracilis super-complex III2+IV2, composite
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • (Ubiquinol-cytochrome- ...) x 2
  • COX4
  • COX5b-2
  • COX5c
  • COX6a
  • COX6b-1
  • COX7a
  • COX7c
  • COXEG1
  • COXEG10
  • COXEG3
  • COXEG4
  • COXEG5
  • COXEG6
  • COXEG7
  • COXEG8
  • COXEG9
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein
  • MPP-beta
  • Putative NADH dehydrogenase subunit 6
  • UQCR10
  • UQCR9
  • UQCRB
  • UQCRFS1
  • UQCRH
  • UQCRQ
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron transport chain / supercomplex / membrane protein / Euglena gracilis
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / electron transport coupled proton transport ...: / : / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD ...Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Chem-S12 ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Chem-S12 / Cytochrome b / Cytochrome c1, heme protein / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Putative NADH dehydrogenase subunit 6 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Wu, M.C. / Tian, H.T. / He, Z.X. / Hu, Y.Q. / Zhou, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentZJU100 Young Professor 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Euglena's atypical respiratory chain adapts to the discoidal cristae and flexible metabolism.
著者: Zhaoxiang He / Mengchen Wu / Hongtao Tian / Liangdong Wang / Yiqi Hu / Fangzhu Han / Jiancang Zhou / Yong Wang / Long Zhou /
要旨: Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron ...Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron transport chain. While structures of the electron transport chain complexes and supercomplexes of most other eukaryotic clades have been reported, no similar structure is currently available for Discoba, limiting the understandings of its core metabolism and leaving a gap in the evolutionary tree of eukaryotic bioenergetics. Here, we report high-resolution cryo-EM structures of Euglena's respirasome I + III + IV and supercomplex III + IV. A previously unreported fatty acid synthesis domain locates on the tip of complex I's peripheral arm, providing a clear picture of its atypical subunit composition identified previously. Individual complexes are re-arranged in the respirasome to adapt to the non-uniform membrane curvature of the discoidal cristae. Furthermore, Euglena's conformationally rigid complex I is deactivated by restricting ubiquinone's access to its substrate tunnel. Our findings provide structural insights for therapeutic developments against euglenozoan parasite infections.
履歴
登録2023年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
QA: MPP-beta
QC: Cytochrome b
QD: Cytochrome c1, heme protein
QH: UQCRQ
QJ: UQCR10
QK: Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial
Qa: MPP-beta
Qc: Cytochrome b
Qd: Cytochrome c1, heme protein
Qh: UQCRQ
Qj: UQCR10
Qk: Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial
4a: COXEG1
4c: COXEG3
4e: COXEG5
4h: COXEG8
4j: COXEG10
5c: COX5c
6a: COX6a
6b: COX6b-1
7c: COX7c
c1: Cytochrome c oxidase subunit 1
c2: Cytochrome c oxidase subunit 2
c3: Putative NADH dehydrogenase subunit 6
dc: COX4
4A: COXEG1
4C: COXEG3
4E: COXEG5
4H: COXEG8
4J: COXEG10
5C: COX5c
6B: COX6b-1
7C: COX7c
C1: Cytochrome c oxidase subunit 1
C2: Cytochrome c oxidase subunit 2
C3: Putative NADH dehydrogenase subunit 6
DC: COX4
6A: COX6a
QE: UQCRFS1
Qe: UQCRFS1
QF: UQCRH
QG: UQCRB
QI: UQCR9
Qb: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial
Qf: UQCRH
Qg: UQCRB
Qi: UQCR9
QB: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial
5B: COX5b-2
4D: COXEG4
4F: COXEG6
4G: COXEG7
4I: COXEG9
7a: COX7a
4d: COXEG4
4f: COXEG6
4g: COXEG7
4i: COXEG9
5b: COX5b-2
7A: COX7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,508,540135
ポリマ－1,450,28760
非ポリマー58,25375
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
タンパク質 , 26種, 52分子 QAQaQCQcQDQdQHQhQJQj4a4A4c4C4e4E4h4H4j4J5c5C6a6A6b6B7c7Cc3C3...

#1: タンパク質 MPP-beta


分子量: 53520.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#2: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42476.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: A0A0S2YRT7
#3: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome c1 subunit / Cytochrome c-1


分子量: 27889.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: P20114, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 UQCRQ


分子量: 10079.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#5: タンパク質 UQCR10


分子量: 17577.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#7: タンパク質 COXEG1


分子量: 27278.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#8: タンパク質 COXEG3


分子量: 16394.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#9: タンパク質 COXEG5


分子量: 19464.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#10: タンパク質 COXEG8


分子量: 24495.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#11: タンパク質 COXEG10


分子量: 10043.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#12: タンパク質 COX5c


分子量: 23788.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#13: タンパク質 COX6a


分子量: 13079.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#14: タンパク質 COX6b-1


分子量: 32995.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#15: タンパク質 COX7c


分子量: 19897.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#18: タンパク質 Putative NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 19414.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: Q9XN18
#19: タンパク質 COX4


分子量: 20427.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#20: タンパク質 UQCRFS1


分子量: 27825.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#21: タンパク質 UQCRH


分子量: 8207.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#22: タンパク質 UQCRB


分子量: 27404.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#23: タンパク質 UQCR9


分子量: 6939.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#25: タンパク質 COX5b-2


分子量: 19736.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#26: タンパク質 COXEG4


分子量: 19359.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#27: タンパク質 COXEG6


分子量: 8728.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#28: タンパク質 COXEG7


分子量: 35651.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#29: タンパク質 COXEG9


分子量: 31754.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#30: タンパク質 COX7a


分子量: 20078.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.

-
Ubiquinol-cytochrome- ... , 2種, 4分子 QKQkQbQB

#6: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial


分子量: 11300.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: P43266
#24: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial


分子量: 51132.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: P43265

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 4分子 c1C1c2C2

#16: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 55759.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: Q34463, cytochrome-c oxidase
#17: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 22443.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: Q9XN19

-
非ポリマー , 12種, 75分子

#31: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#33: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#35: 化合物 ChemComp-PX2 / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 535.671 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H52O8P
#36: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#37: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#38: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#39: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#40: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#41: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#42: 化合物 ChemComp-S12 / O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine / 1-oleoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phospho-L-serine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 523.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46NO9P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Euglena gracilis supercomplex III2+IV2COMPLEX#1-#300NATURAL
2Euglena gracilis supercomplex III2+IV2COMPLEX#1-#301NATURAL
分子量値: 1.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Euglena gracilis (ミドリムシ)3039
32Euglena gracilis (ミドリムシ)3039
緩衝液pH: 7.4
詳細: SEC buffer (30 mM Tris pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.002% PMSF, 0.1% GDN (w/v), 1mM EDTA)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMTrimethylsilylTris1
2100 mMSodium chlorideNaCl1
30.002 %Phenylmethylsulfonyl fluoridePMSF1
40.1 %Glyco-diosgeninGDN1
51 mMEthylene diamine tetraacetic acidEDTA1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7.8 sec. / 電子線照射量: 51.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9807
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.6.0粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIX1.20.1モデルフィッティング
8Coot0.9.6モデルフィッティング
10cryoSPARCv.3.3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARCv.3.3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARCv.3.3.2分類
13cryoSPARCv.3.3.2３次元再構成
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3232325
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135598 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 419.11 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005103392
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5445140111
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041915016
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004117490
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.495738831

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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