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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ibe | |||||||||
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タイトル | Respiratory complex Peripheral Arm of CI, focus-refined map of type II, Wild type mouse under cold temperature | |||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Respiratory complex / Respiratory supercomplex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to injury involved in regulation of muscle adaptation / Protein lipoylation / reproductive system development / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / RHOG GTPase cycle / Respiratory electron transport / protein insertion into mitochondrial inner membrane / circulatory system development / blastocyst hatching ...response to injury involved in regulation of muscle adaptation / Protein lipoylation / reproductive system development / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / RHOG GTPase cycle / Respiratory electron transport / protein insertion into mitochondrial inner membrane / circulatory system development / blastocyst hatching / respiratory system process / psychomotor behavior / Mitochondrial protein degradation / response to light intensity / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / ubiquinone-6 biosynthetic process / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / cardiac muscle tissue development / : / [2Fe-2S] cluster assembly / adult walking behavior / oxygen sensor activity / cellular response to glucocorticoid stimulus / response to hydroperoxide / cellular respiration / respiratory chain complex I / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ribosome / adult behavior / mitochondrial translation / dopamine metabolic process / positive regulation of execution phase of apoptosis / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / apoptotic mitochondrial changes / : / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / electron transport coupled proton transport / acyl binding / acyl carrier activity / cellular response to interferon-beta / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / neuron development / quinone binding / cellular response to retinoic acid / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / muscle contraction / ATP metabolic process / extrinsic apoptotic signaling pathway / tricarboxylic acid cycle / visual perception / aerobic respiration / response to hormone / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / neurogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / kidney development / mitochondrion organization / fatty acid metabolic process / cognition / synaptic membrane / mitochondrial membrane / apoptotic signaling pathway / sensory perception of sound / regulation of protein phosphorylation / multicellular organism growth / brain development / response to organic cyclic compound / negative regulation of cell growth / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / positive regulation of protein catabolic process / NAD binding / FMN binding / myelin sheath / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protease binding / neuron apoptotic process / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / response to hypoxia / nuclear body / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Shin, Y.-C. / Liao, M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Respiratory complex Peripheral Arm of CI, focus-refined map of type II, Wild type mouse under cold temperature 著者: Shin, Y.-C. / Liao, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ibe.cif.gz | 789.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ibe.ent.gz | 626.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ibe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ibe_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ibe_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ibe_validation.xml.gz | 123.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ibe_validation.cif.gz | 187.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/8ibe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/8ibe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35341MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 2種, 2分子 AH
#1: タンパク質 | 分子量: 13223.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) 参照: UniProt: P03899, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#8: タンパク質 | 分子量: 36077.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) 参照: UniProt: P03888, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 6種, 6分子 BCDIQR
#2: タンパク質 | 分子量: 24715.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q9DC70, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#3: タンパク質 | 分子量: 30191.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q9DCT2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#4: タンパク質 | 分子量: 52693.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q91WD5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#9: タンパク質 | 分子量: 24068.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q8K3J1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#11: タンパク質 | 分子量: 19814.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CXZ1 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13041.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P52503 |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 EFs
#5: タンパク質 | 分子量: 27318.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q9D6J6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#6: タンパク質 | 分子量: 50904.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q91YT0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#23: タンパク質 | 分子量: 11833.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BK30 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 GT
#7: タンパク質 | 分子量: 79866.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q91VD9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#14: タンパク質 | 分子量: 17390.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR21 |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 10種, 10分子 PSVWXZabqr
#10: タンパク質 | 分子量: 42588.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DC69 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 10932.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ75 |
#15: タンパク質 | 分子量: 13380.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPP6 |
#16: タンパク質 | 分子量: 15311.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQZ5 |
#17: タンパク質 | 分子量: 20025.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DCJ5 |
#18: タンパク質 | 分子量: 16881.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9ERS2 |
#19: タンパク質 | 分子量: 8149.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O35683 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9338.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ91 |
#21: タンパク質 | 分子量: 17112.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q7TMF3 |
#22: タンパク質 | 分子量: 12595.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9Z1P6 |
-非ポリマー , 11種, 20分子
#24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-SF4 / #26: 化合物 | ChemComp-UQ1 / | #27: 化合物 | #28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-FMN / | #30: 化合物 | ChemComp-UQ9 / | #31: 化合物 | ChemComp-NDP / | #32: 化合物 | ChemComp-ZN / | #33: 化合物 | ChemComp-EHZ / ~{ | #34: 化合物 | ChemComp-CDL / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Respiratory Supercomplex CI:CIII2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#23 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.32 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.33 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA | ||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER | ||||||||||||
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm | ||||||||||||
撮影 |
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-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177076 / 対称性のタイプ: POINT |