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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ib2 | ||||||
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タイトル | Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, Pointed-end segment, headpiece domain of dematin optimized | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Macrocomplex / membrane skeleton / spectrin-actin junction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein targeting to membrane / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / Adherens junctions interactions / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation ...negative regulation of protein targeting to membrane / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / Adherens junctions interactions / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation / UCH proteinases / Clathrin-mediated endocytosis / RHOF GTPase cycle / spectrin-associated cytoskeleton / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / platelet dense tubular network membrane / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of focal adhesion assembly / cell projection membrane / dense body / regulation of filopodium assembly / positive regulation of fibroblast migration / regulation of lamellipodium assembly / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / lamellipodium assembly / spectrin binding / cortical cytoskeleton / NuA4 histone acetyltransferase complex / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / actin filament bundle assembly / positive regulation of blood coagulation / erythrocyte development / cellular response to cAMP / cellular response to calcium ion / axonogenesis / actin filament / cell motility / regulation of actin cytoskeleton organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / actin filament binding / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / postsynaptic density / cytoskeleton / hydrolase activity / axon / focal adhesion / signaling receptor binding / synapse / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Li, N. / Chen, S. / Gao, N. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Structural basis of membrane skeleton organization in red blood cells. 著者: Ningning Li / Siyi Chen / Kui Xu / Meng-Ting He / Meng-Qiu Dong / Qiangfeng Cliff Zhang / Ning Gao / 要旨: The spectrin-based membrane skeleton is a ubiquitous membrane-associated two-dimensional cytoskeleton underneath the lipid membrane of metazoan cells. Mutations of skeleton proteins impair the ...The spectrin-based membrane skeleton is a ubiquitous membrane-associated two-dimensional cytoskeleton underneath the lipid membrane of metazoan cells. Mutations of skeleton proteins impair the mechanical strength and functions of the membrane, leading to several different types of human diseases. Here, we report the cryo-EM structures of the native spectrin-actin junctional complex (from porcine erythrocytes), which is a specialized short F-actin acting as the central organizational unit of the membrane skeleton. While an α-/β-adducin hetero-tetramer binds to the barbed end of F-actin as a flexible cap, tropomodulin and SH3BGRL2 together create an absolute cap at the pointed end. The junctional complex is strengthened by ring-like structures of dematin in the middle actin layers and by patterned periodic interactions with tropomyosin over its entire length. This work serves as a structural framework for understanding the assembly and dynamics of membrane skeleton and offers insights into mechanisms of various ubiquitous F-actin-binding factors in other F-actin systems. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ib2.cif.gz | 336.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ib2.ent.gz | 275.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ib2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ib2_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ib2_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ib2_validation.xml.gz | 58.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ib2_validation.cif.gz | 85 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/8ib2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/8ib2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35329MC 8iahC 8iaiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45569.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1E7W3 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 41782.660 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q6QAQ1 #3: 化合物 | ChemComp-ADP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Spectrin-actin junctional complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 34.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60200 / 対称性のタイプ: POINT |