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- PDB-8i9z: Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i9z
タイトルCryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Spb4
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 24
  • (Putative 60S ribosomal ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 5
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 5
  • (rRNA-processing ...) x 2
  • 60S ribosomal subunit-like protein
  • 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7
  • ATP-dependent RNA helicase
  • AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1
  • Brix domain-containing protein
  • DUF2423 domain-containing protein
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • Nucleolar GTP-binding protein 1
  • Nucleolar complex-associated protein 3
  • Nucleolar protein 16
  • Pescadillo homolog
  • Putative GTP binding protein
  • Putative NOC2 family protein
  • Putative RNA-binding protein
  • RNA (319-MER)
  • RNA (3341-MER)
  • RNA helicase
  • RNA methyltransferase nop2-like protein
  • Ribosomal protein
  • Ribosome assembly factor mrt4
  • dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
キーワードRIBOSOME / Ribosome biogenesis / pre-60S ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


Noc1p-Noc2p complex / Noc2p-Noc3p complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / preribosome / intracellular mRNA localization / protein N-linked glycosylation via asparagine ...Noc1p-Noc2p complex / Noc2p-Noc3p complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / preribosome / intracellular mRNA localization / protein N-linked glycosylation via asparagine / PeBoW complex / rRNA base methylation / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein kinase regulator activity / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / DNA replication initiation / mRNA transport / ribosomal subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / endomembrane system / post-translational protein modification / nuclear periphery / cellular response to amino acid starvation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / rRNA processing / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / negative regulation of translation / rRNA binding / RNA helicase / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / chromatin binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ATP-dependent rRNA helicase SPB4-like, C-terminal tail / 60S ribosomal subunit assembly/export protein Loc1 / : / Methyltr_RsmF/B-like, ferredoxin-like domain / Nucleolar complex protein 2 / Gcn1, N-terminal / : / : / Noc2p family ...: / ATP-dependent rRNA helicase SPB4-like, C-terminal tail / 60S ribosomal subunit assembly/export protein Loc1 / : / Methyltr_RsmF/B-like, ferredoxin-like domain / Nucleolar complex protein 2 / Gcn1, N-terminal / : / : / Noc2p family / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats / Fungal GCN1-like, HEAT repeats / Elongation factor 3/GNC1 HEAT repeat / EF3 N-terminal HEAT repeat / Stalled ribosome sensor GCN1 N-terminal / Nucleolar complex-associated protein 3, N-terminal / Nucleolar complex-associated protein 3 / Nucleolar complex-associated protein / WD repeat WDR12/Ytm1 / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / Ribosome biogenesis factor, NIP7 / RNA (C5-cytosine) methyltransferase, NOP2 / : / UPF0113, pre-PUA domain / UPF0113 PUA domain / NIP7/UPF0113, pre-PUA domain / UPF0113, PUA domain / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / Nop2p / Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / : / STT3/PglB/AglB core domain / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1-like / Spb1 C-terminal domain / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, DUF3381 / Cgr1-like / Cgr1 family / Eukaryotic rRNA processing / Eukaryotic rRNA processing protein EBP2 / Parkin co-regulated protein / TOG domain / Parkin co-regulated protein / TOG / : / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / Ribosome biogenesis protein BRX1 / DDX18/Has1, DEAD-box helicase domain / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Ribosome biogenesis protein Nop16 / CCAAT-binding factor / CBF/Mak21 family / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Domain of unknown function DUF4217 / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / ATP-dependent rRNA helicase SPB4-like, C-terminal extension / DUF4217 / Domain of unknown function DUF2423 / YBL028C ribosome biogenesis factor, N-terminal domain / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / NLE / NLE (NUC135) domain / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / : / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / Guanine nucleotide-binding protein-like 3, N-terminal domain / GNL3L/Grn1 putative GTPase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / : / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Ribosomal biogenesis NSA2 family / Ribosome assembly factor Mrt4 / : / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Brix domain-containing protein / ATP-dependent RNA helicase / 60S ribosomal protein L26-like protein ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Brix domain-containing protein / ATP-dependent RNA helicase / 60S ribosomal protein L26-like protein / ATP-dependent RNA helicase / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L27 / Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog / 60S ribosomal protein L6 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / 60S ribosomal protein l9-like protein / 60S ribosomal protein l21-like protein / Ribosomal protein L37 / Putative RNA-binding protein / 60S ribosomal protein L14-like protein / 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 / Ribosome biogenesis protein RLP24 / Ribosomal protein / 60S ribosomal protein L25-like protein / Nucleolar complex-associated protein 3 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / 60S ribosomal protein L32-like protein / Uncharacterized protein / Nucleolar protein 16 / Nucleolar GTP-binding protein 1 / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L18-like protein / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L8 / 60S ribosomal protein L36 / 60S ribosomal protein L20 / Ribosome biogenesis protein ERB1 / 60S ribosomal protein l33-like protein / rRNA-processing protein / Putative NOC2 family protein / Putative 60S ribosomal protein / 60S ribosomal protein L22-like protein / 60S ribosomal protein l30-like protein / Putative GTP binding protein / Ribosome biogenesis protein YTM1 / 60S ribosomal protein L4-like protein / 60S ribosomal protein l7-like protein / Ribosomal protein l34-like protein / 60S ribosomal protein L38-like protein / rRNA processing protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L12-like protein / 60S ribosomal subunit-like protein / Large ribosomal subunit protein uL22 / 60S ribosomal protein L16-like protein / Putative 60S ribosomal protein / DUF2423 domain-containing protein / RNA methyltransferase nop2-like protein / Pescadillo homolog / 60S ribosomal protein l23-like protein / Large ribosomal subunit protein eL39
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lau, B. / Huang, Z. / Beckmann, R. / Hurt, E. / Cheng, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2023
タイトル: Mechanism of 5S RNP recruitment and helicase-surveilled rRNA maturation during pre-60S biogenesis.
著者: Benjamin Lau / Zixuan Huang / Nikola Kellner / Shuangshuang Niu / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt / Jingdong Cheng /
要旨: Ribosome biogenesis proceeds along a multifaceted pathway from the nucleolus to the cytoplasm that is extensively coupled to several quality control mechanisms. However, the mode by which 5S ...Ribosome biogenesis proceeds along a multifaceted pathway from the nucleolus to the cytoplasm that is extensively coupled to several quality control mechanisms. However, the mode by which 5S ribosomal RNA is incorporated into the developing pre-60S ribosome, which in humans links ribosome biogenesis to cell proliferation by surveillance by factors such as p53-MDM2, is poorly understood. Here, we report nine nucleolar pre-60S cryo-EM structures from Chaetomium thermophilum, one of which clarifies the mechanism of 5S RNP incorporation into the early pre-60S. Successive assembly states then represent how helicases Dbp10 and Spb4, and the Pumilio domain factor Puf6 act in series to surveil the gradual folding of the nearby 25S rRNA domain IV. Finally, the methyltransferase Spb1 methylates a universally conserved guanine nucleotide in the A-loop of the peptidyl transferase center, thereby licensing further maturation. Our findings provide insight into the hierarchical action of helicases in safeguarding rRNA tertiary structure folding and coupling to surveillance mechanisms that culminate in local RNA modification.
履歴
登録2023年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C1: RNA (3341-MER)
C2: RNA (319-MER)
CA: Brix domain-containing protein
CB: Ribosome biogenesis protein C8F11.04
CC: Ribosome biogenesis protein ERB1
CD: Ribosome biogenesis protein YTM1
CE: RNA helicase
CF: Ribosome assembly factor mrt4
CG: 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7
CH: Nucleolar GTP-binding protein 1
CI: Putative RNA-binding protein
CJ: Pescadillo homolog
CK: Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog
CL: Putative GTP binding protein
CM: 60S ribosomal protein l7-like protein
CN: Eukaryotic translation initiation factor 6
CO: DUF2423 domain-containing protein
CP: RNA methyltransferase nop2-like protein
CQ: Ribosome biogenesis protein RLP24
CR: Nucleolar protein 16
CS: AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1
CT: Nucleolar complex-associated protein 3
CU: rRNA-processing protein EBP2
CV: Putative 60S ribosomal protein
CW: ATP-dependent RNA helicase
CX: 60S ribosomal subunit-like protein
CY: Putative NOC2 family protein
Cz: rRNA-processing protein
LB: 60S ribosomal protein L3-like protein
LC: 60S ribosomal protein L4-like protein
LE: 60S ribosomal protein L6
LF: 60S ribosomal protein l7-like protein
LG: 60S ribosomal protein L8
LH: 60S ribosomal protein l9-like protein
LK: 60S ribosomal protein L12-like protein
LL: 60S ribosomal protein L13
LM: 60S ribosomal protein L14-like protein
LN: Ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L16-like protein
LP: 60S ribosomal protein l17-like protein
LQ: Ribosomal protein L18-like protein
LR: Ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L20
LT: 60S ribosomal protein l21-like protein
LU: 60S ribosomal protein L22-like protein
LV: 60S ribosomal protein l23-like protein
LX: 60S ribosomal protein L25-like protein
LY: 60S ribosomal protein L26-like protein
LZ: 60S ribosomal protein L27
Lc: 60S ribosomal protein l30-like protein
Ld: Putative 60S ribosomal protein
Le: 60S ribosomal protein L32-like protein
Lf: 60S ribosomal protein l33-like protein
Lg: Ribosomal protein l34-like protein
Lh: dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
Li: 60S ribosomal protein L36
Lj: Ribosomal protein L37
Lk: 60S ribosomal protein L38-like protein
Ll: 60S ribosomal protein L39
Lq: Ribosomal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,468,45065
ポリマ－3,467,34460
非ポリマー1,1065
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 C1C2

#1: RNA鎖 RNA (3341-MER)


分子量: 1079977.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 25S rRNA / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#2: RNA鎖 RNA (319-MER)


分子量: 102607.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 5.8S rRNA / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719

-
タンパク質 , 19種, 19分子 CACECFCGCHCICJCLCNCOCPCRCSCTCWCXCYLhLq

#3: タンパク質 Brix domain-containing protein


分子量: 36482.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RXZ3
#7: タンパク質 RNA helicase


分子量: 66830.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RYU9
#8: タンパク質 Ribosome assembly factor mrt4 / mRNA turnover protein 4


分子量: 30551.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S616
#9: タンパク質 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7


分子量: 20685.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S435
#10: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 75621.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S8F1
#11: タンパク質 Putative RNA-binding protein


分子量: 45884.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S1H0
#12: タンパク質 Pescadillo homolog / Nucleolar protein 7 homolog


分子量: 77167.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHX6
#14: タンパク質 Putative GTP binding protein


分子量: 61523.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SEW3
#16: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6


分子量: 26468.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S683
#17: タンパク質 DUF2423 domain-containing protein


分子量: 13262.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHK0
#18: タンパク質 RNA methyltransferase nop2-like protein


分子量: 83658.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHQ0
#20: タンパク質 Nucleolar protein 16


分子量: 26960.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S832
#21: タンパク質 AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1


分子量: 95510.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SGD8
#22: タンパク質 Nucleolar complex-associated protein 3


分子量: 77953.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S5L0
#25: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase


分子量: 75468.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RYG4
#26: タンパク質 60S ribosomal subunit-like protein


分子量: 22678.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SGJ0
#27: タンパク質 Putative NOC2 family protein


分子量: 89766.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SD05
#54: タンパク質 dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase


分子量: 105169.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
参照: UniProt: G0S0D7, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#59: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 24055.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S4Z9

-
Ribosome biogenesis protein ... , 5種, 5分子 CBCCCDCKCQ

#4: タンパク質 Ribosome biogenesis protein C8F11.04


分子量: 43700.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S7X0
#5: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ERB1 / Eukaryotic ribosome biogenesis protein 1


分子量: 90838.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SCK6
#6: タンパク質 Ribosome biogenesis protein YTM1


分子量: 52989.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SFB5
#13: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog


分子量: 29724.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S081
#19: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP24


分子量: 26434.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S497

+
60S ribosomal protein ... , 24種, 25分子 CMLFLBLCLELGLHLKLLLMLOLPLSLTLULVLXLYLZLcLeLfLiLkLl

#15: タンパク質 60S ribosomal protein l7-like protein


分子量: 28821.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SFL0
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L3-like protein


分子量: 44456.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RXW1
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L4-like protein


分子量: 39439.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SFC3
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 22132.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S0D6
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 29744.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SAJ9
#33: タンパク質 60S ribosomal protein l9-like protein


分子量: 21582.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S0E5
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L12-like protein


分子量: 17802.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SGH8
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24191.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S992
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L14-like protein


分子量: 16111.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S1R0
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L16-like protein


分子量: 22993.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SH61
#39: タンパク質 60S ribosomal protein l17-like protein


分子量: 21072.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SGY1
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20341.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SCE2
#43: タンパク質 60S ribosomal protein l21-like protein


分子量: 18159.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S0Z3
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L22-like protein


分子量: 14302.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SDS8
#45: タンパク質 60S ribosomal protein l23-like protein


分子量: 14674.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SI44
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L25-like protein


分子量: 17175.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S507
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L26-like protein


分子量: 15565.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RYN9
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15803.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RZE9
#49: タンパク質 60S ribosomal protein l30-like protein


分子量: 11602.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SEI0
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L32-like protein


分子量: 15095.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S6V4
#52: タンパク質 60S ribosomal protein l33-like protein


分子量: 12330.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SCL3
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12784.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SBN1
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L38-like protein


分子量: 9521.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SG89
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6297.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: Q2H9R2

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RRNA-processing ... , 2種, 2分子 CUCz

#23: タンパク質 rRNA-processing protein EBP2


分子量: 50255.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SGC2
#28: タンパク質 rRNA-processing protein


分子量: 14710.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SCP3

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Putative 60S ribosomal ... , 2種, 2分子 CVLd

#24: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 15960.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHJ6
#50: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 13872.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SD68

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Ribosomal protein ... , 5種, 5分子 LNLQLRLgLj

#37: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24307.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RZ88
#40: タンパク質 Ribosomal protein L18-like protein


分子量: 24195.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S9B5
#41: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 317092.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S9T3
#53: タンパク質 Ribosomal protein l34-like protein


分子量: 13492.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SFN0
#56: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10660.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S101

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非ポリマー , 4種, 5分子

#60: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#61: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#62: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#63: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1pre-60S ribosomeRIBOSOME#1-#470NATURAL
2ribosomeRIBOSOME#1-#471NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Chaetomium thermophilum (菌類)759272
32Chaetomium thermophilum (菌類)759272
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 44 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 173028 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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