+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hnd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human OATP1B1 in complex with estrone-3-sulfate | ||||||
![]() | Solute carrier organic anion transporter family member 1B1 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / transporter / OATP1B1 / organic anion transporting peptide | ||||||
機能・相同性 | ![]() Defective SLCO1B1 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / Atorvastatin ADME / organic anion transmembrane transporter activity ...Defective SLCO1B1 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / Atorvastatin ADME / organic anion transmembrane transporter activity / heme catabolic process / bile acid and bile salt transport / Heme degradation / monoatomic ion transport / basal plasma membrane / Recycling of bile acids and salts / xenobiotic metabolic process / basolateral plasma membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | ||||||
![]() | Shan, Z. / Yang, X. / Liu, H. / Nan, J. / Yuan, Y. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of human organic anion transporting polypeptide OATP1B1. 著者: Ziyang Shan / Xuemei Yang / Huihui Liu / Yafei Yuan / Yuan Xiao / Jing Nan / Wei Zhang / Wenqi Song / Jufang Wang / Feiwen Wei / Yanqing Zhang / ![]() 要旨: Members of the solute carrier organic anion transporting polypeptide (OATPs) family function as transporters for a large variety of amphipathic organic anions including endogenous metabolites and ...Members of the solute carrier organic anion transporting polypeptide (OATPs) family function as transporters for a large variety of amphipathic organic anions including endogenous metabolites and clinical drugs, such as bile salts, steroids, thyroid hormones, statins, antibiotics, antivirals, and anticancer drugs. OATP1B1 plays a vital role in transporting such substances into the liver for hepatic clearance. FDA and EMA recommend conducting in vitro testing of drug-drug interactions (DDIs) involving OATP1B1. However, the structure and working mechanism of OATPs still remains elusive. In this study, we determined cryo-EM structures of human OATP1B1 bound with representative endogenous metabolites (bilirubin and estrone-3-sulfate), a clinical drug (simeprevir), and a fluorescent indicator (2',7'-dichlorofluorescein), in both outward- and inward-open states. These structures reveal major and minor substrate binding pockets and conformational changes during transport. In combination with mutagenesis studies and molecular dynamics simulations, our work comprehensively elucidates the transport mechanism of OATP1B1 and provides the structural basis for DDI predictions involving OATP1B1, which will greatly promote our understanding of OATPs. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 83.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34911MC ![]() 8hnbC ![]() 8hncC ![]() 8hnhC ![]() 8k6lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80330.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: estrone-3-sulfate / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-FY5 / |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: OATP1B1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-
解析
EMソフトウェア |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105261 / 対称性のタイプ: POINT |