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- EMDB-34910: Cryo-EM structure of human OATP1B1 in complex with bilirubin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34910
タイトルCryo-EM structure of human OATP1B1 in complex with bilirubin
マップデータmap
試料
  • 複合体: OATP1B1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1
  • リガンド: 3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードtransporter (運搬体タンパク質) / OATP1B1 / organic anion transporting peptide / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLCO1B1 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / heme catabolic process / Atorvastatin ADME ...Defective SLCO1B1 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / heme catabolic process / Atorvastatin ADME / organic anion transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / Heme degradation / monoatomic ion transport / Recycling of bile acids and salts / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier organic anion transporter family member 1B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Shan Z / Yang X / Liu H / Nan J / Yuan Y / Zhang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of human organic anion transporting polypeptide OATP1B1.
著者: Ziyang Shan / Xuemei Yang / Huihui Liu / Yafei Yuan / Yuan Xiao / Jing Nan / Wei Zhang / Wenqi Song / Jufang Wang / Feiwen Wei / Yanqing Zhang /
要旨: Members of the solute carrier organic anion transporting polypeptide (OATPs) family function as transporters for a large variety of amphipathic organic anions including endogenous metabolites and ...Members of the solute carrier organic anion transporting polypeptide (OATPs) family function as transporters for a large variety of amphipathic organic anions including endogenous metabolites and clinical drugs, such as bile salts, steroids, thyroid hormones, statins, antibiotics, antivirals, and anticancer drugs. OATP1B1 plays a vital role in transporting such substances into the liver for hepatic clearance. FDA and EMA recommend conducting in vitro testing of drug-drug interactions (DDIs) involving OATP1B1. However, the structure and working mechanism of OATPs still remains elusive. In this study, we determined cryo-EM structures of human OATP1B1 bound with representative endogenous metabolites (bilirubin and estrone-3-sulfate), a clinical drug (simeprevir), and a fluorescent indicator (2',7'-dichlorofluorescein), in both outward- and inward-open states. These structures reveal major and minor substrate binding pockets and conformational changes during transport. In combination with mutagenesis studies and molecular dynamics simulations, our work comprehensively elucidates the transport mechanism of OATP1B1 and provides the structural basis for DDI predictions involving OATP1B1, which will greatly promote our understanding of OATPs.
履歴
登録2022年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34910.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34910.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-1.5381914 - 2.0811138
平均 (標準偏差)0.00022248167 (±0.041226145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.992 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half2 map

ファイルemd_34910_half_map_1.map
注釈half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half1 map

ファイルemd_34910_half_map_2.map
注釈half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OATP1B1

全体名称: OATP1B1
要素
  • 複合体: OATP1B1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1
  • リガンド: 3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: OATP1B1

超分子名称: OATP1B1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1

分子名称: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: NAG / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.79075 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMDQNQHLNK TAEAQPSENK KTRYCNGLKM FLAALSLSFI AKTLGAIIMK SSIIHIERRF EISSSLVGF IDGSFEIGNL LVIVFVSYFG SKLHRPKLIG IGCFIMGIGG VLTALPHFFM GYYRYSKETN INSSENSTST L STCLINQI ...文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMDQNQHLNK TAEAQPSENK KTRYCNGLKM FLAALSLSFI AKTLGAIIMK SSIIHIERRF EISSSLVGF IDGSFEIGNL LVIVFVSYFG SKLHRPKLIG IGCFIMGIGG VLTALPHFFM GYYRYSKETN INSSENSTST L STCLINQI LSLNRASPEI VGKGCLKESG SYMWIYVFMG NMLRGIGETP IVPLGLSYID DFAKEGHSSL YLGILNAIAM IG PIIGFTL GSLFSKMYVD IGYVDLSTIR ITPTDSRWVG AWWLNFLVSG LFSIISSIPF FFLPQTPNKP QKERKASLSL HVL ETNDEK DQTANLTNQG KNITKNVTGF FQSFKSILTN PLYVMFVLLT LLQVSSYIGA FTYVFKYVEQ QYGQPSSKAN ILLG VITIP IFASGMFLGG YIIKKFKLNT VGIAKFSCFT AVMSLSFYLL YFFILCENKS VAGLTMTYDG NNPVTSHRDV PLSYC NSDC NCDESQWEPV CGNNGITYIS PCLAGCKSSS GNKKPIVFYN CSCLEVTGLQ NRNYSAHLGE CPRDDACTRK FYFFVA IQV LNLFFSALGG TSHVMLIVKI VQPELKSLAL GFHSMVIRAL GGILAPIYFG ALIDTTCIKW STNNCGTRGS CRTYNST SF SRVYLGLSSM LRVSSLVLYI ILIYAMKKKY QEKDINASEN GSVMDEANLE SLNKNKHFVP SAGADSETHC

UniProtKB: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1

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分子 #3: 3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)me...

分子名称: 3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2- ...名称: 3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: BLR
分子量理論値: 584.662 Da
Chemical component information

ChemComp-BLR:
3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / ビリルビン / ビリルビン

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度9 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 77213
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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