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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hkx | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structures and Translocation Mechanism of Crenarchaeota Ribosome | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Sulfolobus acidocaldarius ribosome small subunit | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y.H. / Zhou, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Cryo-electron microscopy structure and translocation mechanism of the crenarchaeal ribosome. 著者: Ying-Hui Wang / Hong Dai / Ling Zhang / Yun Wu / Jingfen Wang / Chen Wang / Cai-Huang Xu / Hai Hou / Bing Yang / Yongqun Zhu / Xing Zhang / Jie Zhou / 要旨: Archaeal ribosomes have many domain-specific features; however, our understanding of these structures is limited. We present 10 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal ribosome ...Archaeal ribosomes have many domain-specific features; however, our understanding of these structures is limited. We present 10 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal ribosome from crenarchaeota Sulfolobus acidocaldarius (Sac) at 2.7-5.7 Å resolution. We observed unstable conformations of H68 and h44 of ribosomal RNA (rRNA) in the subunit structures, which may interfere with subunit association. These subunit structures provided models for 12 rRNA expansion segments and 3 novel r-proteins. Furthermore, the 50S-aRF1 complex structure showed the unique domain orientation of aRF1, possibly explaining P-site transfer RNA (tRNA) release after translation termination. Sac 70S complexes were captured in seven distinct steps of the tRNA translocation reaction, confirming conserved structural features during archaeal ribosome translocation. In aEF2-engaged 70S ribosome complexes, 3D classification of cryo-EM data based on 30S head domain identified two new translocation intermediates with 30S head domain tilted 5-6° enabling its disengagement from the translocated tRNA and its release post-translocation. Additionally, we observed conformational changes to aEF2 during ribosome binding and switching from three different states. Our structural and biochemical data provide new insights into archaeal translation and ribosome translocation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hkx.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hkx.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8hkx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hkx_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hkx_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hkx_validation.xml.gz | 108.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hkx_validation.cif.gz | 184.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/8hkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/8hkx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34862MC 8hkuC 8hkvC 8hkyC 8hkzC 8hl1C 8hl2C 8hl3C 8hl4C 8hl5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A16S
#1: RNA鎖 | 分子量: 486920.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) |
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+30S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 AS2PAS4EAS4PAS5PAS6EAS8EAS8PS11PS12PS15PS17PS24ES27ES3AEAS3PAS7PAS9PS10PS13PS14PS17ES19ES19PS28ES27A
-タンパク質 , 2種, 2分子 SL7AA
#26: タンパク質 | 分子量: 13351.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) 参照: UniProt: Q4J8P1 |
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#28: タンパク質 | 分子量: 4868.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Sulfolobus acidocaldarius ribosome small sbunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#7, #9-#24, #27, #25-#26 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 26.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98366 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 99.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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