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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8him | ||||||
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タイトル | A cryo-EM structure of B. oleracea RNA polymerase V elongation complex at 2.73 Angstrom | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / DNA-dependent RNA polymerase V | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase IV complex / RNA polymerase V complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity ...RNA polymerase IV complex / RNA polymerase V complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
![]() | Hu, H. / Xie, G. / Du, X. / Du, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of the plant RNA polymerase V. 著者: Guohui Xie / Xuan Du / Hongmiao Hu / Sisi Li / Xiaofeng Cao / Steven E Jacobsen / Jiamu Du / ![]() ![]() 要旨: In addition to the conserved RNA polymerases I to III (Pols I to III) in eukaryotes, two atypical polymerases, Pols IV and V, specifically produce noncoding RNA in the RNA-directed DNA methylation ...In addition to the conserved RNA polymerases I to III (Pols I to III) in eukaryotes, two atypical polymerases, Pols IV and V, specifically produce noncoding RNA in the RNA-directed DNA methylation pathway in plants. Here, we report on the structures of cauliflower Pol V in the free and elongation conformations. A conserved tyrosine residue of NRPE2 stacks with a double-stranded DNA branch of the transcription bubble to potentially attenuate elongation by inducing transcription stalling. The nontemplate DNA strand is captured by NRPE2 to enhance backtracking, thereby increasing 3'-5' cleavage, which likely underpins Pol V's high fidelity. The structures also illuminate the mechanism of Pol V transcription stalling and enhanced backtracking, which may be important for Pol V's retention on chromatin to serve its function in tethering downstream factors for RNA-directed DNA methylation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 572.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 439.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 126.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34821MC ![]() 8hilC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#1: DNA鎖 | 分子量: 10482.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 10463.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#3: RNA鎖 | 分子量: 6414.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 AIB
#4: タンパク質 | 分子量: 222876.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#11: タンパク質 | 分子量: 13123.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 132377.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 3種, 3分子 CKL
#5: タンパク質 | 分子量: 35484.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 13538.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 5983.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 4種, 4分子 FJHE
#6: タンパク質 | 分子量: 16686.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#7: タンパク質 | 分子量: 7982.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 16607.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 26260.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 7分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#14: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#15: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 280 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 2.9975 sec. / 電子線照射量: 1.5625 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5694 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2750896 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 503124 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL |