+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hfr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NPC-trapped pre-60S particle | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RIBOSOME / pre-60S ribosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear RNA export factor complex / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore central transport channel / 加水分解酵素 / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA export from nucleus / U4 snRNA binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...nuclear RNA export factor complex / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore central transport channel / 加水分解酵素 / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA export from nucleus / U4 snRNA binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / tRNA processing / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / poly(A)+ mRNA export from nucleus / response to cycloheximide / porin activity / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / ATPase activator activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / U5 snRNA binding / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / mRNA export from nucleus / U6 snRNA binding / nuclear pore / ribosomal small subunit export from nucleus / U1 snRNA binding / Neutrophil degranulation / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / metallopeptidase activity / protein transport / ribosome biogenesis / ATPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Z.Q. / Chen, S.J. / Sui, S.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Nuclear export of pre-60S particles through the nuclear pore complex. 著者: Zongqiang Li / Shuaijiabin Chen / Liang Zhao / Guoqiang Huang / Huiqin Xu / Xiaoyun Yang / Peiyi Wang / Ning Gao / Sen-Fang Sui / 要旨: The nuclear pore complex (NPC) is the bidirectional gate that mediates the exchange of macromolecules or their assemblies between nucleus and cytoplasm. The assembly intermediates of the ribosomal ...The nuclear pore complex (NPC) is the bidirectional gate that mediates the exchange of macromolecules or their assemblies between nucleus and cytoplasm. The assembly intermediates of the ribosomal subunits, pre-60S and pre-40S particles, are among the largest cargoes of the NPC and the export of these gigantic ribonucleoproteins requires numerous export factors. Here we report the cryo-electron microscopy structure of native pre-60S particles trapped in the channel of yeast NPCs. In addition to known assembly factors, multiple factors with export functions are also included in the structure. These factors in general bind to either the flexible regions or subunit interface of the pre-60S particle, and virtually form many anchor sites for NPC binding. Through interactions with phenylalanine-glycine (FG) repeats from various nucleoporins of NPC, these factors collectively facilitate the passage of the pre-60S particle through the central FG repeat network of the NPC. Moreover, in silico analysis of the axial and radial distribution of pre-60S particles within the NPC shows that a single NPC can take up to four pre-60S particles simultaneously, and pre-60S particles are enriched in the inner ring regions close to the wall of the NPC with the solvent-exposed surface facing the centre of the nuclear pore. Our data suggest a translocation model for the export of pre-60S particles through the NPC. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hfr.cif.gz | 3.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8hfr.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8hfr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hfr_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8hfr_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hfr_validation.xml.gz | 303.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hfr_validation.cif.gz | 529.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hfr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34725MC 8hbnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
+60S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 h1g2b3B4V5O6f7F8cCCDUFdGeHLLDORPMQmSYUnYSZiaIbXcjhliHjQkTlNo...
-Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 v9rA
#9: タンパク質 | 分子量: 55585.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: NOG2, YNR053C, N3484 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53742 |
---|---|
#10: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: NOG1, YPL093W, LPG15W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02892 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 3種, 3分子 tBqJxd
#11: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: RLP24, YLR009W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07915 |
---|---|
#19: タンパク質 | 分子量: 19322.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: ALB1, YJL122W, J0723 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47019 |
#36: タンパク質 | 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: NSA2, YER126C, SYGP-ORF47 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40078 |
-タンパク質 , 10種, 14分子 yExIDKFRBtANCWEXpTvVWgsmzpox
#14: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: TIF6, CDC95, YPR016C, LPZ15C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522 | ||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#18: タンパク質 | 分子量: 23934.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: ECM1, SIM1, YAL059W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39715 | ||||||||||||||
#20: タンパク質 | 分子量: 20802.506 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: MTR2, YKL186C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34232 #23: タンパク質 | 分子量: 67417.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: MEX67, YPL169C, P2520 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99257 #28: タンパク質 | | 分子量: 65290.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: ARX1, YDR101C, YD8557.10c / 参照: UniProt: Q03862, 加水分解酵素 #30: タンパク質 | | 分子量: 59167.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: NMD3, YHR170W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38861 #39: タンパク質 | | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: MRT4, YKL009W, YKL160 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33201 #45: タンパク質 | | 分子量: 20883.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: TMA16, YOR252W / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08687 #48: タンパク質 | | 分子量: 12435.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: YBL028C, YBL0423 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38202 #55: タンパク質 | | 分子量: 18546.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: BUD20, YLR074C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08004 |
-YEAST 60S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 KMAs
#22: タンパク質 | 分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: RPL12A / 参照: UniProt: P0CX53 |
---|---|
#51: タンパク質 | 分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 属: RPL1A,SSM1,SSM1A / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX43 |
-RNA鎖 , 3種, 3分子 1e2f3n
#37: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: GenBank: NR_132207 |
---|---|
#38: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: GenBank: 1039023795 |
#46: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: GenBank: 1669301378 |
-非ポリマー , 1種, 237分子
#58: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NPC-trapped pre-60S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#57 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86343 / 対称性のタイプ: POINT |