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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h8a | |||||||||
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タイトル | Type VI secretion system effector RhsP in its post-autoproteolysis and monomeric form | |||||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / T6SS / Rhs proteins / polymorphic toxins | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 WHH domain-containing protein / A nuclease of the HNH/ENDO VII superfamily with conserved WHH / Domain of unknown function DUF6531 / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / : / Rhs repeat-associated core 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Tang, L. / Dong, S.Q. / Rasheed, N. / Wu, H.W. / Zhou, N.K. / Li, H.D. / Wang, M.L. / Zheng, J. / He, J. / Chao, W.C.H. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Vibrio parahaemolyticus prey targeting requires autoproteolysis-triggered dimerization of the type VI secretion system effector RhsP. 著者: Le Tang / Shuqi Dong / Nadia Rasheed / Hao Weng Wu / Ningkun Zhou / Huadong Li / Meilin Wang / Jun Zheng / Jun He / William Chong Hang Chao / 要旨: The rearrangement hotspot (Rhs) repeat is an ancient giant protein fold found in all domains of life. Rhs proteins are polymorphic toxins that could either be deployed as an ABC complex or via a type ...The rearrangement hotspot (Rhs) repeat is an ancient giant protein fold found in all domains of life. Rhs proteins are polymorphic toxins that could either be deployed as an ABC complex or via a type VI secretion system (T6SS) in interbacterial competitions. To explore the mechanism of T6SS-delivered Rhs toxins, we used the gastroenteritis-associated Vibrio parahaemolyticus as a model organism and identified an Rhs toxin-immunity pair, RhsP-RhsP. Our data show that RhsP-dependent prey targeting by V. parahaemolyticus requires T6SS2. RhsP can bind to VgrG2 independently without a chaperone and spontaneously self-cleaves into three fragments. The toxic C-terminal fragment (RhsP) can bind to VgrG2 via a VgrG2-interacting region (VIR). Our electron microscopy (EM) analysis reveals that the VIR is encapsulated inside the Rhs β barrel structure and that autoproteolysis triggers a dramatic conformational change of the VIR. This alternative VIR conformation promotes RhsP dimerization, which significantly contributes to T6SS2-mediated prey targeting by V. parahaemolyticus. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h8a.cif.gz | 207.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h8a.ent.gz | 155.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h8a_validation.pdf.gz | 365.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h8a_full_validation.pdf.gz | 375.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8h8a_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h8a_validation.cif.gz | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34540MC 8h8bC 8h8cC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 131985.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: In cleaved RhsP, the cleavage at F1131/L1132 allows the VIR to re-position itself in a U-shape manner with both the N and C termini located at the lid region. 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ) 遺伝子: VP1517 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87PI5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28143.795 Da / 分子数: 1 / Mutation: H1354A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cleaved RhsP in its monomeric form 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ) 遺伝子: VP1517 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87PI5 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Type VI secretion system effector RhsP in its post-autoproteolysis form タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 368563 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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