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万見
- PDB-8h69: Cryo-EM structure of influenza RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h69
タイトルCryo-EM structure of influenza RNA polymerase
要素
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA (5'-R(*UP*AP*AP*AP*CP*UP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*UP*UP*UP*U)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Li, H. / Wu, Y. / Liang, H. / Liu, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31530015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870739 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82071346 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: An intermediate state allows influenza polymerase to switch smoothly between transcription and replication cycles.
著者: Huanhuan Li / Yixi Wu / Minke Li / Lu Guo / Yaqi Gao / Quan Wang / Jihua Zhang / Zhaohua Lai / Xing Zhang / Lixin Zhu / Ping Lan / Zihe Rao / Yingfang Liu / Huanhuan Liang /
要旨: Influenza polymerase (FluPol) transcribes viral mRNA at the beginning of the viral life cycle and initiates genome replication after viral protein synthesis. However, it remains poorly understood how ...Influenza polymerase (FluPol) transcribes viral mRNA at the beginning of the viral life cycle and initiates genome replication after viral protein synthesis. However, it remains poorly understood how FluPol switches between its transcription and replication states, especially given that the structural bases of these two functions are fundamentally different. Here we propose a mechanism by which FluPol achieves functional switching between these two states through a previously unstudied conformation, termed an 'intermediate state'. Using cryo-electron microscopy, we obtained a structure of the intermediate state of H5N1 FluPol at 3.7 Å, which is characterized by a blocked cap-binding domain and a contracted core region. Structural analysis results suggest that the intermediate state may allow FluPol to transition smoothly into either the transcription or replication state. Furthermore, we show that the formation of the intermediate state is required for both the transcription and replication activities of FluPol, leading us to conclude that the transcription and replication cycles of FluPol are regulated via this intermediate state.
履歴
登録2022年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月15日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: RNA (5'-R(*UP*AP*AP*AP*CP*UP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*U)-3')
5: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*UP*UP*UP*U)-3')
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,8755
ポリマ－266,8755
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*AP*AP*CP*UP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*U)-3')


分子量: 5608.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 6150.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
#3: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 82669.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd / 遺伝子: PA
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q91R78
#4: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit


分子量: 86492.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd / 遺伝子: PB1
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q91HA4
#5: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 85954.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd / 遺伝子: PB2
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q6E3M8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 10 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 790730 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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