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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h0w | |||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA polymerase II transcribing a chromatosome (type II) | |||||||||||||||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / chromatin / nucleosome | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / negative regulation of DNA recombination / RPB4-RPB7 complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / chromosome condensation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription ...regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / negative regulation of DNA recombination / RPB4-RPB7 complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / chromosome condensation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / : / : / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / transcription elongation by RNA polymerase I / negative regulation of megakaryocyte differentiation / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / protein localization to CENP-A containing chromatin / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / Chromatin modifying enzymes / pericentric heterochromatin / tRNA transcription by RNA polymerase III / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / RNA polymerase I activity / heterochromatin organization / epigenetic regulation of gene expression / Packaging Of Telomere Ends / RNA polymerase II activity / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / translation initiation factor binding / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase I Promoter Escape / lipopolysaccharide binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / P-body / euchromatin / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Metalloprotease DUBs / ribonucleoside binding / chromatin DNA binding / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / UCH proteinases / nucleosome / nucleosome assembly / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / single-stranded DNA binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Hirano, R. / Ehara, H. / Tomoya, K. / Takizawa, Y. / Sekine, S. / Kurumizaka, H. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of RNA polymerase II transcription on the chromatosome containing linker histone H1. 著者: Rina Hirano / Haruhiko Ehara / Tomoya Kujirai / Tamami Uejima / Yoshimasa Takizawa / Shun-Ichi Sekine / Hitoshi Kurumizaka / ![]() 要旨: In chromatin, linker histone H1 binds to nucleosomes, forming chromatosomes, and changes the transcription status. However, the mechanism by which RNA polymerase II (RNAPII) transcribes the DNA in ...In chromatin, linker histone H1 binds to nucleosomes, forming chromatosomes, and changes the transcription status. However, the mechanism by which RNA polymerase II (RNAPII) transcribes the DNA in the chromatosome has remained enigmatic. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of transcribing RNAPII-chromatosome complexes (forms I and II), in which RNAPII is paused at the entry linker DNA region of the chromatosome due to H1 binding. In the form I complex, the H1 bound to the nucleosome restricts the linker DNA orientation, and the exit linker DNA is captured by the RNAPII DNA binding cleft. In the form II complex, the RNAPII progresses a few bases ahead by releasing the exit linker DNA from the RNAPII cleft, and directly clashes with the H1 bound to the nucleosome. The transcription elongation factor Spt4/5 masks the RNAPII DNA binding region, and drastically reduces the H1-mediated RNAPII pausing. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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CIF形式データ | ![]() | 200.3 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34416MC ![]() 8h0vC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI
#1: タンパク質 | 分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK
#3: タンパク質 | 分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH
#5: タンパク質 | 分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 6種, 10分子 Faebfcgdhu
#6: タンパク質 | 分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||||||
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#16: タンパク質 | 分子量: 15719.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #17: タンパク質 | 分子量: 11676.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #18: タンパク質 | 分子量: 14447.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 14217.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #20: タンパク質 | | 分子量: 22156.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-RNA polymerase subunit ABC10- ... , 2種, 2分子 JL
#10: タンパク質 | 分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#12: タンパク質 | 分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#13: RNA鎖 | 分子量: 4470.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#14: DNA鎖 | 分子量: 80851.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#15: DNA鎖 | 分子量: 80329.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 9分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#21: 化合物 | ChemComp-ZN / #22: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 56.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16916 / 対称性のタイプ: POINT |