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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gy2 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Membrane-Bound Alcohol Dehydrogenase from Gluconobacter oxydans | |||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / Complex / Oxidereductase / Membrane-bound protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase (quinone) / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / : / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / calcium ion binding / heme binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gluconobacter oxydans 621H (バクテリア) Gluconobacter oxydans (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Adachi, T. / Miyata, T. / Makino, F. / Tanaka, H. / Namba, K. / Sowa, K. / Kitazumi, Y. / Shirai, O. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023 タイトル: Experimental and Theoretical Insights into Bienzymatic Cascade for Mediatorless Bioelectrochemical Ethanol Oxidation with Alcohol and Aldehyde Dehydrogenases 著者: Adachi, T. / Miyata, T. / Makino, F. / Tanaka, H. / Namba, K. / Kano, K. / Sowa, K. / Kitazumi, Y. / Shirai, O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gy2.cif.gz | 253.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gy2.ent.gz | 204.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gy2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gy2_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gy2_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gy2_validation.xml.gz | 53.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gy2_validation.cif.gz | 77.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gy2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gy2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34368MC 8gy3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Alcohol dehydrogenase (quinone), ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 82938.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans 621H (バクテリア) 株: 621H / 遺伝子: adhA, GOX1068 / 発現宿主: Gluconobacter oxydans (バクテリア) / 参照: UniProt: O05542, alcohol dehydrogenase (quinone) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51249.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans 621H (バクテリア) 株: 621H / 遺伝子: adhB, GOX1067 / 発現宿主: Gluconobacter oxydans (バクテリア) / 参照: UniProt: Q47945, alcohol dehydrogenase (quinone) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 14282.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア) 発現宿主: Gluconobacter oxydans (バクテリア) / 参照: UniProt: O05544, alcohol dehydrogenase (quinone) |
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-非ポリマー , 4種, 7分子
#4: 化合物 | ChemComp-HEC / #5: 化合物 | ChemComp-PQQ / | #6: 化合物 | ChemComp-CA / | #7: 化合物 | ChemComp-U10 / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Alcohol dehydrogenase from Gluconobacter oxydans / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.15 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 60000 X / 倍率(補正後): 56754 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / 最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K / Residual tilt: 0.01 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3224 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2551393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 247480 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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