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万見
- PDB-8gy3: Cryo-EM Structure of Membrane-Bound Aldehyde Dehydrogenase from G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gy3
タイトルCryo-EM Structure of Membrane-Bound Aldehyde Dehydrogenase from Gluconobacter oxydans
要素
  • Cytochrome c subunit of aldehyde dehydrogenase
  • Large subunit of aldehyde dehydrogenase
  • Small subunit of aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex / Membrane-bound protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase molybdopterin-binding subunit, IorB-related / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily ...Oxidoreductase molybdopterin-binding subunit, IorB-related / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Cytochrome c / Beta-grasp domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / Chem-PCD / UBIQUINONE-10 / CO/xanthine dehydrogenase Mo-binding subunit / Isoquinoline 1-oxidoreductase alpha subunit / Aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Adachi, T. / Miyata, T. / Makino, F. / Tanaka, H. / Namba, K. / Sowa, K. / Kitazumi, Y. / Shirai, O.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H01961 日本
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Experimental and Theoretical Insights into Bienzymatic Cascade for Mediatorless Bioelectrochemical Ethanol Oxidation with Alcohol and Aldehyde Dehydrogenases
著者: Adachi, T. / Miyata, T. / Makino, F. / Tanaka, H. / Namba, K. / Kano, K. / Sowa, K. / Kitazumi, Y. / Shirai, O.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c subunit of aldehyde dehydrogenase
B: Small subunit of aldehyde dehydrogenase
C: Large subunit of aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,53710
ポリマ－148,6223
非ポリマー3,9157
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Cytochrome c subunit of aldehyde dehydrogenase


分子量: 48519.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
発現宿主: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
参照: UniProt: Q5DW50, aldehyde dehydrogenase (FAD-independent)
#2: タンパク質 Small subunit of aldehyde dehydrogenase


分子量: 16799.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
発現宿主: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A4R4A2K3, aldehyde dehydrogenase (FAD-independent)
#3: タンパク質 Large subunit of aldehyde dehydrogenase


分子量: 83302.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
発現宿主: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A4R4A2F9, aldehyde dehydrogenase (FAD-independent)

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非ポリマー , 4種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#6: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#7: 化合物 ChemComp-PCD / (MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S)-DIOXO-AQUA-MOLYBDENUM(V) / MOLYBDENUM COFACTOR / MOCO


分子量: 844.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26MoN8O16P2S2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
緩衝液pH: 6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
188 mmol / LSodium dihydrogen phosphateNaH2PO41
212 mmol / LSodium hydrogen phosphateNa2HPO41
30.3 mmol / L2-[4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenoxy]ethanolC14H22O(C2H4O)n1
41 mmol / LAcetaldehydeC2H4O1
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 倍率（補正後）: 56754 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / 最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K / Residual tilt: 0.01 mradians
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12747
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2SerialEM3.9画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2分類
13cryoSPARC3.3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 6871333
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 189414 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310597
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55914489
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.881554
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431554
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041882

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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