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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gtd | ||||||
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タイトル | Cryo-EM model of the marine siphophage vB_DshS-R4C portal-adaptor complex | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Marine bacteriophage / Cryo-EM / Siphophage / Portal protein / Adaptor protein / Head-to-tail interface | ||||||
機能・相同性 | Phage portal protein, lambda family / Phage portal protein, lambda family / virion assembly / structural molecule activity / Head-to-tail joining protein / Portal protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, Y. / Sun, H. / Wei, S. / Zheng, Q. / Li, S. / Zhang, R. / Xia, N. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure and proposed DNA delivery mechanism of a marine roseophage. 著者: Yang Huang / Hui Sun / Shuzhen Wei / Lanlan Cai / Liqin Liu / Yanan Jiang / Jiabao Xin / Zhenqin Chen / Yuqiong Que / Zhibo Kong / Tingting Li / Hai Yu / Jun Zhang / Ying Gu / Qingbing Zheng ...著者: Yang Huang / Hui Sun / Shuzhen Wei / Lanlan Cai / Liqin Liu / Yanan Jiang / Jiabao Xin / Zhenqin Chen / Yuqiong Que / Zhibo Kong / Tingting Li / Hai Yu / Jun Zhang / Ying Gu / Qingbing Zheng / Shaowei Li / Rui Zhang / Ningshao Xia / 要旨: Tailed bacteriophages (order, Caudovirales) account for the majority of all phages. However, the long flexible tail of siphophages hinders comprehensive investigation of the mechanism of viral gene ...Tailed bacteriophages (order, Caudovirales) account for the majority of all phages. However, the long flexible tail of siphophages hinders comprehensive investigation of the mechanism of viral gene delivery. Here, we report the atomic capsid and in-situ structures of the tail machine of the marine siphophage, vB_DshS-R4C (R4C), which infects Roseobacter. The R4C virion, comprising 12 distinct structural protein components, has a unique five-fold vertex of the icosahedral capsid that allows genome delivery. The specific position and interaction pattern of the tail tube proteins determine the atypical long rigid tail of R4C, and further provide negative charge distribution within the tail tube. A ratchet mechanism assists in DNA transmission, which is initiated by an absorption device that structurally resembles the phage-like particle, RcGTA. Overall, these results provide in-depth knowledge into the intact structure and underlining DNA delivery mechanism for the ecologically important siphophages. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gtd.cif.gz | 886.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gtd.ent.gz | 597.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gtd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gtd_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gtd_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gtd_validation.xml.gz | 141.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gtd_validation.cif.gz | 242.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/8gtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/8gtd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34250MC 8gtaC 8gtbC 8gtcC 8gtfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60353.898 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ) 参照: UniProt: A0A4Y6EI29 #2: タンパク質 | 分子量: 19249.615 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ) 参照: UniProt: A0A4Y6E755 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: vB_DshS-R4C portal-adaptor complex / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C12 (12回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5844 / 対称性のタイプ: POINT |