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万見
- PDB-8glk: The Type 9 Secretion System dGldL peak II, NucA substrate bound c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8glk
タイトルThe Type 9 Secretion System dGldL peak II, NucA substrate bound complex
要素
  • Endonuclease I
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Protein involved in gliding motility SprA
  • Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / T9SS / Type IX Secretion System Translocon / Protein Secretion PorV - SprA - PPI - NucA Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
Endonuclease I / Endonuclease I / Type IX secretion system protein PorV / : / Type IX secretion system protein PorV / Gliding motility protein SprA N-terminal domain / Cell surface SprA / Motility related/secretion protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2/11 / Lamin tail domain ...Endonuclease I / Endonuclease I / Type IX secretion system protein PorV / : / Type IX secretion system protein PorV / Gliding motility protein SprA N-terminal domain / Cell surface SprA / Motility related/secretion protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2/11 / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / His-Me finger superfamily / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein involved in gliding motility SprA / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Endonuclease I / Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Deme, J.C. / Lea, S.M.
資金援助 英国, European Union, 米国, 6件
組織認可番号国
Wellcome Trust219477/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust107929/Z/15/Z 英国
European Research Council (ERC)833713European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007474/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021264/1 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CCR Core Funding for Lea Group 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: The Type 9 Secretion System caught in the act of transport
著者: Lauber, F. / Deme, J.C. / Liu, X. / Kjaer, A. / Miller, H.L. / Alcock, F. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
履歴
登録2023年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Endonuclease I
A: Protein involved in gliding motility SprA
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
F: Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,1115
ポリマ－342,1054
非ポリマー1,0051
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease I


分子量: 8454.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A5FAQ0
#2: タンパク質 Protein involved in gliding motility SprA


分子量: 270221.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5G5I4
#3: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 19219.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A5F9W9
#4: タンパク質 Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein


分子量: 44210.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A5FJM7
#5: 化合物 ChemComp-LMN / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22 / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type 9 Secretion System NucA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm
撮影電子線照射量: 62.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1SIMPLE3粒子像選択
4SIMPLE3CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57573 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00222384
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51330390
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.2263047
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0453303
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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