+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8glk | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Type 9 Secretion System dGldL peak II, NucA substrate bound complex | |||||||||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / T9SS / Type IX Secretion System Translocon / Protein Secretion PorV - SprA - PPI - NucA Complex | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / endonuclease activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Deme, J.C. / Lea, S.M. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: The Type 9 Secretion System caught in the act of transport 著者: Lauber, F. / Deme, J.C. / Liu, X. / Kjaer, A. / Miller, H.L. / Alcock, F. / Lea, S.M. / Berks, B.C. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 495.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 85.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 128.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40196MC ![]() 8gl6C ![]() 8gl8C ![]() 8gljC ![]() 8glmC ![]() 8glnC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8454.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A5FAQ0 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 270221.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A1M5G5I4 |
#3: タンパク質 | 分子量: 19219.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A5F9W9 |
#4: タンパク質 | 分子量: 44210.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A5FJM7 |
#5: 化合物 | ChemComp-LMN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Type 9 Secretion System NucA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 62.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57573 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|