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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gl6 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | The Type 9 Secretion System in vitro assembled, RemA-CTD substrate bound complex | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / T9SS / Type IX Secretion System Translocon / Protein Secretion PorV - SprA - PPI - RemA Complex | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / carbohydrate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Deme, J.C. / Lea, S.M. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024 タイトル: The Type 9 Secretion System caught in the act of transport 著者: Lauber, F. / Deme, J.C. / Liu, X. / Kjaer, A. / Miller, H.L. / Alcock, F. / Lea, S.M. / Berks, B.C. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gl6.cif.gz | 523.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gl6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8gl6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/8gl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/8gl6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 40191MC 8gl8C 8gljC 8glkC 8glmC 8glnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 270221.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1M5G5I4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19219.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A5F9W9 |
#3: タンパク質 | 分子量: 44210.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A5FJM7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 154116.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A5FLS4 |
#5: 化合物 | ChemComp-LMN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Type 9 Secretion System Extended Translocon / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2, #4 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37140 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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