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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gkh | ||||||
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タイトル | Structure of the Spizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) in complex with omega RNA and target DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / Fanzor / Eukaryotic / RNA-guided / nuclease / Gene editing / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanosarcina mazei (古細菌) Spizellomyces punctatus (菌類) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, P. / Saito, M. / Zhang, F. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Fanzor is a eukaryotic programmable RNA-guided endonuclease. 著者: Makoto Saito / Peiyu Xu / Guilhem Faure / Samantha Maguire / Soumya Kannan / Han Altae-Tran / Sam Vo / AnAn Desimone / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang / 要旨: RNA-guided systems, which use complementarity between a guide RNA and target nucleic acid sequences for recognition of genetic elements, have a central role in biological processes in both ...RNA-guided systems, which use complementarity between a guide RNA and target nucleic acid sequences for recognition of genetic elements, have a central role in biological processes in both prokaryotes and eukaryotes. For example, the prokaryotic CRISPR-Cas systems provide adaptive immunity for bacteria and archaea against foreign genetic elements. Cas effectors such as Cas9 and Cas12 perform guide-RNA-dependent DNA cleavage. Although a few eukaryotic RNA-guided systems have been studied, including RNA interference and ribosomal RNA modification, it remains unclear whether eukaryotes have RNA-guided endonucleases. Recently, a new class of prokaryotic RNA-guided systems (termed OMEGA) was reported. The OMEGA effector TnpB is the putative ancestor of Cas12 and has RNA-guided endonuclease activity. TnpB may also be the ancestor of the eukaryotic transposon-encoded Fanzor (Fz) proteins, raising the possibility that eukaryotes are also equipped with CRISPR-Cas or OMEGA-like programmable RNA-guided endonucleases. Here we report the biochemical characterization of Fz, showing that it is an RNA-guided DNA endonuclease. We also show that Fz can be reprogrammed for human genome engineering applications. Finally, we resolve the structure of Spizellomyces punctatus Fz at 2.7 Å using cryogenic electron microscopy, showing the conservation of core regions among Fz, TnpB and Cas12, despite diverse cognate RNA structures. Our results show that Fz is a eukaryotic OMEGA system, demonstrating that RNA-guided endonucleases are present in all three domains of life. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gkh.cif.gz | 219.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gkh.ent.gz | 157 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gkh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gkh_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gkh_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gkh_validation.xml.gz | 37.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gkh_validation.cif.gz | 55.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/8gkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/8gkh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40184MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#1: DNA鎖 | 分子量: 4594.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 10737.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 PW
#2: タンパク質 | 分子量: 118029.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌), (組換発現) Spizellomyces punctatus (菌類) 遺伝子: malE / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A0F8NYV9, UniProt: A0A0L0H5U9 |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 25050.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spizellomyces punctatus (菌類) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-非ポリマー , 3種, 6分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SpuFz-wRNA-tgDNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Spizellomyces punctatus (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 51.41 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 501142 / 対称性のタイプ: POINT |