PDB-8g8y: Hepatitis B virus capsid bound to importin alpha1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g8y

タイトル

Hepatitis B virus capsid bound to importin alpha1

要素

Core protein Cp183

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / Capsid formed by Cp183 when bound to importin alpha1

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virus-mediated perturbation of host defense response / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Yang, R. / Cingolani, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Hepatitis B virus capsid bound to importin alpha1
著者: Yang, R. / Cingolani, G.

履歴

登録	2023年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g8y.cif.gz	330.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g8y.ent.gz	276 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8g8y_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8g8y_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8g8y_validation.xml.gz	62.4 KB	表示
CIF形式データ	8g8y_validation.cif.gz	94.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/8g8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/8g8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	29858MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Core protein Cp183

B: Core protein Cp183

C: Core protein Cp183

D: Core protein Cp183

E: Core protein Cp183

F: Core protein Cp183

G: Core protein Cp183

H: Core protein Cp183

I: Core protein Cp183

J: Core protein Cp183

K: Core protein Cp183

L: Core protein Cp183

196 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Core protein Cp183 / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 分子量: 16328.719 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2G2S7

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Capsid formed by Cp183 when importin alpha1 is incorporated タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2250 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 750 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37698 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.55 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	14140
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.555	19360
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.794	1859
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.039	2191
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	2450

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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