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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g6v | ||||||
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タイトル | Hepatitis B virus capsid bound to importin alpha1/beta heterodimer | ||||||
要素 | Core protein Cp183 | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / complex formed by viral capsid and importin | ||||||
機能・相同性 | Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / virus-mediated perturbation of host defense response / structural molecule activity / extracellular region / External core antigen 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, R. / Cingolani, G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Hepatitis B virus capsid bound to importin alpha1/beta heterodimer 著者: Yang, R. / Cingolani, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g6v.cif.gz | 337.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8g6v.ent.gz | 278.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g6v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8g6v_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8g6v_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8g6v_validation.xml.gz | 62.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8g6v_validation.cif.gz | 92.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/8g6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/8g6v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21146.217 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W6CP35 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of Cp183 when bound to importin alpha1/beta at the quasi-sixfold pore タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16181 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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