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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g6u | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of T/F100 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer with LMHS mutations in complex with 8ANC195 and 10-1074 | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / T/F100 SOSIP / Clade A/E HIV-1 / 8ANC195 / 10-1074 / LMHS mutant. / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | ||||||
![]() | Chen, Y. / Zhou, F. / Huang, R. / Tolbert, W. / Pazgier, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-function analyses reveal key molecular determinants of HIV-1 CRF01_AE resistance to the entry inhibitor temsavir. 著者: Jérémie Prévost / Yaozong Chen / Fei Zhou / William D Tolbert / Romain Gasser / Halima Medjahed / Manon Nayrac / Dung N Nguyen / Suneetha Gottumukkala / Ann J Hessell / Venigalla B Rao / ...著者: Jérémie Prévost / Yaozong Chen / Fei Zhou / William D Tolbert / Romain Gasser / Halima Medjahed / Manon Nayrac / Dung N Nguyen / Suneetha Gottumukkala / Ann J Hessell / Venigalla B Rao / Edwin Pozharski / Rick K Huang / Doreen Matthies / Andrés Finzi / Marzena Pazgier / ![]() ![]() 要旨: The HIV-1 entry inhibitor temsavir prevents the viral receptor CD4 (cluster of differentiation 4) from interacting with the envelope glycoprotein (Env) and blocks its conformational changes. To do ...The HIV-1 entry inhibitor temsavir prevents the viral receptor CD4 (cluster of differentiation 4) from interacting with the envelope glycoprotein (Env) and blocks its conformational changes. To do this, temsavir relies on the presence of a residue with small side chain at position 375 in Env and is unable to neutralize viral strains like CRF01_AE carrying His375. Here we investigate the mechanism of temsavir resistance and show that residue 375 is not the sole determinant of resistance. At least six additional residues within the gp120 inner domain layers, including five distant from the drug-binding pocket, contribute to resistance. A detailed structure-function analysis using engineered viruses and soluble trimer variants reveals that the molecular basis of resistance is mediated by crosstalk between His375 and the inner domain layers. Furthermore, our data confirm that temsavir can adjust its binding mode to accommodate changes in Env conformation, a property that likely contributes to its broad antiviral activity. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 621.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 507 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 101.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 154.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 AEIBFJ
#1: タンパク質 | 分子量: 54697.098 Da / 分子数: 3 / 変異: H61Y/Q105H/V108I/N474D/I475M/K476R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: env / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 17389.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: env / 発現宿主: ![]() |
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-Heavy chain of ... , 2種, 6分子 CGKMOQ
#3: タンパク質 | 分子量: 25324.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 25661.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 6分子 DHLNPR
#4: 抗体 | 分子量: 23460.047 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #6: 抗体 | 分子量: 23180.760 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 6種, 72分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#7: 多糖 | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #9: 多糖 | #10: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #11: 多糖 | #12: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of T/F100 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer with LMHS mutations in complex with 8ANC195 and 10-1074 タイプ: COMPLEX 詳細: LM mutations refer to layer mutants (H61Y/Q105H/V108I/N474D/I475M/K476R) and HS mutation refer to H375S. Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 6.3 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS saline, pH 7.4 |
試料 | 濃度: 0.928 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: CRF01_AE T/F100 SOSIP (GnT1- produced) was incubated with 15-fold excess of ANC195 Fab and 10-1074 Fab overnight at 4 degrees Celsius before purification on a Superose 6 300/10 GL column (GE ...詳細: CRF01_AE T/F100 SOSIP (GnT1- produced) was incubated with 15-fold excess of ANC195 Fab and 10-1074 Fab overnight at 4 degrees Celsius before purification on a Superose 6 300/10 GL column (GE Healthcare). The complex peak was harvested, concentrated to 0.8-1.0 mg/mL in PBS buffer, and immediately used for CryoEM grid preparation. |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 60241 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / カテゴリ: モデル精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1044853 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 549061 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Accession code: 8DOK / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 8DOK / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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拘束条件 |
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