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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g6e | ||||||
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タイトル | Structure of the Plasmodium falciparum 20S proteasome complexed with inhibitor TDI-8304 | ||||||
要素 | (Proteasome subunit ...) x 14 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / proteasome / inhibitor / 20S / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.18 Å | ||||||
データ登録者 | Hsu, H.-C. / Li, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structures revealing mechanisms of resistance and collateral sensitivity of Plasmodium falciparum to proteasome inhibitors. 著者: Hao-Chi Hsu / Daqiang Li / Wenhu Zhan / Jianxiang Ye / Yi Jing Liu / Annie Leung / Junling Qin / Benigno Crespo / Francisco-Javier Gamo / Hao Zhang / Liwang Cui / Alison Roth / Laura A ...著者: Hao-Chi Hsu / Daqiang Li / Wenhu Zhan / Jianxiang Ye / Yi Jing Liu / Annie Leung / Junling Qin / Benigno Crespo / Francisco-Javier Gamo / Hao Zhang / Liwang Cui / Alison Roth / Laura A Kirkman / Huilin Li / Gang Lin / 要旨: The proteasome of the malaria parasite Plasmodium falciparum (Pf20S) is an advantageous drug target because its inhibition kills P. falciparum in multiple stages of its life cycle and synergizes with ...The proteasome of the malaria parasite Plasmodium falciparum (Pf20S) is an advantageous drug target because its inhibition kills P. falciparum in multiple stages of its life cycle and synergizes with artemisinins. We recently developed a macrocyclic peptide, TDI-8304, that is highly selective for Pf20S over human proteasomes and is potent in vitro and in vivo against P. falciparum. A mutation in the Pf20S β6 subunit, A117D, confers resistance to TDI-8304, yet enhances both enzyme inhibition and anti-parasite activity of a tripeptide vinyl sulfone β2 inhibitor, WLW-vs. Here we present the high-resolution cryo-EM structures of Pf20S with TDI-8304, of human constitutive proteasome with TDI-8304, and of Pf20Sβ6 with WLW-vs that give insights into the species selectivity of TDI-8304, resistance to it, and the collateral sensitivity associated with resistance, including that TDI-8304 binds β2 and β5 in wild type Pf20S as well as WLW-vs binds β2 and β5 in Pf20Sβ6. We further show that TDI-8304 kills P. falciparum as quickly as chloroquine and artemisinin and is active against P. cynomolgi at the liver stage. This increases interest in using these structures to facilitate the development of Pf20S inhibitors that target multiple proteasome subunits and limit the emergence of resistance. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g6e.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8g6e.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g6e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8g6e_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8g6e_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8g6e_validation.xml.gz | 153.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8g6e_validation.cif.gz | 248.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/8g6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/8g6e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29764MC 8g6fC 8ud9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Proteasome subunit ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZMaNb
#1: タンパク質 | 分子量: 29531.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: W7JVP8 #2: タンパク質 | 分子量: 26556.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: A0A2I0BQ13 #3: タンパク質 | 分子量: 27977.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: W7KN95 #4: タンパク質 | 分子量: 27263.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: A0A2I0BS43 #5: タンパク質 | 分子量: 28417.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: A0A2I0BP34 #6: タンパク質 | 分子量: 28742.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: W7K5W7 #7: タンパク質 | 分子量: 29324.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: W7K040 #8: タンパク質 | 分子量: 29143.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: W7JUG8 #9: タンパク質 | 分子量: 25104.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: W7K1J4 #10: タンパク質 | 分子量: 24533.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: A0A2I0BXS0 #11: タンパク質 | 分子量: 22889.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: W7JKG5 #12: タンパク質 | 分子量: 23620.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: W7K6A8 #13: タンパク質 | 分子量: 27301.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: A0A2I0BU46 #14: タンパク質 | 分子量: 30909.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: W7K6I2 |
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-非ポリマー , 2種, 224分子
#15: 化合物 | ChemComp-YRE / ( #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Plasmodium falciparum 20S proteasome complexed with inhibitor TDI-8304 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.7 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 66 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 29343 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 11520 / 縦: 8184 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 657066 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 305581 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 21.44 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6MUW Accession code: 6MUW / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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