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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g09 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 2 (backbone model) | ||||||
![]() | (ATP synthase ...) x 8 | ||||||
![]() | TRANSLOCASE/INHIBITOR / ATP synthase / mycobacterial / inhibitor / tuberculosis / antibiotic / HYDROLASE / TRANSLOCASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / photosynthetic electron transport in photosystem II / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / hydrolase activity ...proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / photosynthetic electron transport in photosystem II / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / hydrolase activity / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Courbon, G.M. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of mycobacterial ATP synthase inhibition by squaramides and second generation diarylquinolines. 著者: Gautier M Courbon / Paul R Palme / Lea Mann / Adrian Richter / Peter Imming / John L Rubinstein / ![]() ![]() 要旨: Mycobacteria, such as Mycobacterium tuberculosis, depend on the activity of adenosine triphosphate (ATP) synthase for growth. The diarylquinoline bedaquiline (BDQ), a mycobacterial ATP synthase ...Mycobacteria, such as Mycobacterium tuberculosis, depend on the activity of adenosine triphosphate (ATP) synthase for growth. The diarylquinoline bedaquiline (BDQ), a mycobacterial ATP synthase inhibitor, is an important medication for treatment of drug-resistant tuberculosis but suffers from off-target effects and is susceptible to resistance mutations. Consequently, both new and improved mycobacterial ATP synthase inhibitors are needed. We used electron cryomicroscopy and biochemical assays to study the interaction of Mycobacterium smegmatis ATP synthase with the second generation diarylquinoline TBAJ-876 and the squaramide inhibitor SQ31f. The aryl groups of TBAJ-876 improve binding compared with BDQ, while SQ31f, which blocks ATP synthesis ~10 times more potently than ATP hydrolysis, binds a previously unknown site in the enzyme's proton-conducting channel. Remarkably, BDQ, TBAJ-876, and SQ31f all induce similar conformational changes in ATP synthase, suggesting that the resulting conformation is particularly suited for drug binding. Further, high concentrations of the diarylquinolines uncouple the transmembrane proton motive force while for SQ31f they do not, which may explain why high concentrations of diarylquinolines, but not SQ31f, have been reported to kill mycobacteria. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 590 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29650MC ![]() 8g07C ![]() 8g08C ![]() 8g0aC ![]() 8g0bC ![]() 8g0cC ![]() 8g0dC ![]() 8g0eC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-ATP synthase ... , 8種, 20分子 123567894ABCDEFGHabd
#1: タンパク質 | 分子量: 8597.982 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0R205 #2: タンパク質 | 分子量: 58951.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0R202, H+-transporting two-sector ATPase #3: タンパク質 | 分子量: 51670.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0R200, H+-transporting two-sector ATPase #4: タンパク質 | | 分子量: 33439.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0R201 #5: タンパク質 | | 分子量: 13277.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0R1Z9 #6: タンパク質 | | 分子量: 27568.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0R206 #7: タンパク質 | | 分子量: 17636.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0R204 #8: タンパク質 | | 分子量: 47504.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0R203 |
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-非ポリマー , 4種, 10分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SQC.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SQC.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-ATP / #10: 化合物 | ChemComp-MG / #11: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #12: 化合物 | ChemComp-SQC / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47332 / 対称性のタイプ: POINT |