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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase FO region | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase FO region (sharpened) | |||||||||
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![]() | ATP synthase / mycobacterial / inhibitor / tuberculosis / antibiotic / HYDROLASE / TRANSLOCASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / photosynthetic electron transport in photosystem II / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / hydrolase activity / lipid binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Courbon GM / Rubinstein JL | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of mycobacterial ATP synthase inhibition by squaramides and second generation diarylquinolines. 著者: Gautier M Courbon / Paul R Palme / Lea Mann / Adrian Richter / Peter Imming / John L Rubinstein / ![]() ![]() 要旨: Mycobacteria, such as Mycobacterium tuberculosis, depend on the activity of adenosine triphosphate (ATP) synthase for growth. The diarylquinoline bedaquiline (BDQ), a mycobacterial ATP synthase ...Mycobacteria, such as Mycobacterium tuberculosis, depend on the activity of adenosine triphosphate (ATP) synthase for growth. The diarylquinoline bedaquiline (BDQ), a mycobacterial ATP synthase inhibitor, is an important medication for treatment of drug-resistant tuberculosis but suffers from off-target effects and is susceptible to resistance mutations. Consequently, both new and improved mycobacterial ATP synthase inhibitors are needed. We used electron cryomicroscopy and biochemical assays to study the interaction of Mycobacterium smegmatis ATP synthase with the second generation diarylquinoline TBAJ-876 and the squaramide inhibitor SQ31f. The aryl groups of TBAJ-876 improve binding compared with BDQ, while SQ31f, which blocks ATP synthesis ~10 times more potently than ATP hydrolysis, binds a previously unknown site in the enzyme's proton-conducting channel. Remarkably, BDQ, TBAJ-876, and SQ31f all induce similar conformational changes in ATP synthase, suggesting that the resulting conformation is particularly suited for drug binding. Further, high concentrations of the diarylquinolines uncouple the transmembrane proton motive force while for SQ31f they do not, which may explain why high concentrations of diarylquinolines, but not SQ31f, have been reported to kill mycobacteria. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 118 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 91.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 871.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 871.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8g07MC ![]() 8g08C ![]() 8g09C ![]() 8g0aC ![]() 8g0bC ![]() 8g0cC ![]() 8g0dC ![]() 8g0eC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase FO region (sharpened) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase...
ファイル | emd_29648_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase FO region (Half A) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase...
ファイル | emd_29648_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase FO region (Half B) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase FO region
全体 | 名称: SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase FO region |
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要素 |
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-超分子 #1: SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase FO region
超分子 | 名称: SQ31f-bound Mycobacterium smegmatis ATP synthase FO region タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: ATP synthase subunit c
分子 | 名称: ATP synthase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.597982 KDa |
配列 | 文字列: MDLDPNAIIT AGALIGGGLI MGGGAIGAGI GDGIAGNALI SGIARQPEAQ GRLFTPFFIT VGLVEAAYFI NLAFMALFVF ATPGLQ UniProtKB: ATP synthase subunit c |
-分子 #2: ATP synthase subunit a
分子 | 名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 27.568482 KDa |
配列 | 文字列: MLAAEEGGAA IHVGHHTLVF ELFGMTFNGD TILATAVTAV IVIALAFYLR AKVTSTGVPS GVQLFWEALT IQMRQQIEGS IGMKIAPFV LPLSVTIFVF ILISNWLAVL PLQYGGADGA AAELYKAPAS DINFVLALAL FVFVCYHAAG IWRRGIVGHP I KVVKGHVA ...文字列: MLAAEEGGAA IHVGHHTLVF ELFGMTFNGD TILATAVTAV IVIALAFYLR AKVTSTGVPS GVQLFWEALT IQMRQQIEGS IGMKIAPFV LPLSVTIFVF ILISNWLAVL PLQYGGADGA AAELYKAPAS DINFVLALAL FVFVCYHAAG IWRRGIVGHP I KVVKGHVA FLAPINIVEE LAKPISLALR LFGNIFAGGI LVALIAMFPW YIQWFPNAVW KTFDLFVGLI QAFIFSLLTI LY FSQSMEL DHEDH UniProtKB: ATP synthase subunit a |
-分子 #3: ATP synthase subunit b
分子 | 名称: ATP synthase subunit b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 17.636701 KDa |
配列 | 文字列: MGEFSATILA ASQAAEEGGG GSNFLIPNGT FFAVLIIFLI VLGVISKWVV PPISKVLAER EAMLAKTAAD NRKSAEQVAA AQADYEKEM AEARAQASAL RDEARAAGRS VVDEKRAQAS GEVAQTLTQA DQQLSAQGDQ VRSGLESSVD GLSAKLASRI L GVDVNSGG TQ UniProtKB: ATP synthase subunit b |
-分子 #4: ATP synthase subunit b-delta
分子 | 名称: ATP synthase subunit b-delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 47.504723 KDa |
配列 | 文字列: MSIFIGQLIG FAVIAFIIVK WVVPPVRTLM RNQQEAVRAA LAESAEAAKK LADADAMHAK ALADAKAESE KVTEEAKQDS ERIAAQLSE QAGSEAERIK AQGAQQIQLM RQQLIRQLRT GLGAEAVNKA AEIVRAHVAD PQAQSATVDR FLSELEQMAP S SVVIDTAA ...文字列: MSIFIGQLIG FAVIAFIIVK WVVPPVRTLM RNQQEAVRAA LAESAEAAKK LADADAMHAK ALADAKAESE KVTEEAKQDS ERIAAQLSE QAGSEAERIK AQGAQQIQLM RQQLIRQLRT GLGAEAVNKA AEIVRAHVAD PQAQSATVDR FLSELEQMAP S SVVIDTAA TSRLRAASRQ SLAALVEKFD SVAGGLDADG LTNLADELAS VAKLLLSETA LNKHLAEPTD DSAPKVRLLE RL LSDKVSA TTLDLLRTAV SNRWSTESNL IDAVEHTARL ALLKRAEIAG EVDEVEEQLF RFGRVLDAEP RLSALLSDYT TPA EGRVAL LDKALTGRPG VNQTAAALLS QTVGLLRGER ADEAVIDLAE LAVSRRGEVV AHVSAAAELS DAQRTRLTEV LSRI YGRPV SVQLHVDPEL LGGLSITVGD EVIDGSIASR LAAAQTGLPD UniProtKB: ATP synthase subunit b-delta |
-分子 #5: 3-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]-4-{[(pyridin-2-yl)methyl]amino}cyclo...
分子 | 名称: 3-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]-4-{[(pyridin-2-yl)methyl]amino}cyclobut-3-ene-1,2-dione タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SQC |
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分子量 | 理論値: 349.383 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SQC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |