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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fzj | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (Composite state II-C) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / release factor 3 / termination complex / cryo-EM / tRNA | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / positive regulation of ribosome biogenesis / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation ...regulation of translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / positive regulation of ribosome biogenesis / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Escherichia phage T4 (ファージ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rybak, M.Y. / Li, L. / Lin, J. / Gagnon, M.G. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: The ribosome termination complex remodels release factor RF3 and ejects GDP 著者: Li, L. / Rybak, M.Y. / Lin, J. / Gagnon, M.G. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fzj.cif.gz | 3.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fzj.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8fzj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fzj_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fzj_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fzj_validation.xml.gz | 227.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fzj_validation.cif.gz | 394.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fzj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29634MC 8fzdC 8fzeC 8fzfC 8fzgC 8fzhC 8fziC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 axzAB
#1: RNA鎖 | 分子量: 499873.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1758835854 |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 24645.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: phenylalanyl-tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / プラスミド: pBSTNAV-tRNAPhe / 発現宿主: Escherichia coli HB101 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1850831943 |
#23: RNA鎖 | 分子量: 6792.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic 21-nt F-UAA mRNA / 由来: (合成) Escherichia phage T4 (ファージ) |
#25: RNA鎖 | 分子量: 941811.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
#26: RNA鎖 | 分子量: 38814.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1817378070 |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#2: タンパク質 | 分子量: 26795.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: J7QM75 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7MCS9 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#6: タンパク質 | 分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3SFQ7 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17637.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7XKZ3 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A1X3LT86 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: V0ANK5 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13871.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0H3PWX2 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0F1AUC4 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A7U9IV78 |
#14: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: U9Y6H3 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D8EB41 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3SYP2 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A8E0MHL6 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0E2KXL3 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: S1EA57 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3TRH7 |
#21: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0E2L2J1 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 vT
#24: タンパク質 | 分子量: 59651.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Release factor 3 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: prfC / プラスミド: pET28-SMT3-RF3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A0GZD3 |
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#42: タンパク質 | 分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3SSG2 |
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 CDEFGIJLMNOPQRSUVWXYZ12345678
-非ポリマー , 4種, 1063分子
#57: 化合物 | ChemComp-MG / #58: 化合物 | ChemComp-GCP / | #59: 化合物 | #60: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (Composite state II-C) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#56 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.6 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40.44 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9810 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 872066 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116992 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7K00 Accession code: 7K00 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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