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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fyf | ||||||
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タイトル | Human TMEM175-LAMP1 transmembrane domain only complex | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of organelle transport along microtubule / positive regulation of natural killer cell degranulation / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / lysosomal lumen pH elevation / phagolysosome membrane / cytolytic granule membrane / Golgi to lysosome transport / phagosome-lysosome fusion / establishment of protein localization to organelle / regulation of lysosomal lumen pH ...regulation of organelle transport along microtubule / positive regulation of natural killer cell degranulation / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / lysosomal lumen pH elevation / phagolysosome membrane / cytolytic granule membrane / Golgi to lysosome transport / phagosome-lysosome fusion / establishment of protein localization to organelle / regulation of lysosomal lumen pH / lysosomal lumen acidification / proton channel activity / potassium ion leak channel activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / arachidonic acid binding / オートファゴソーム / azurophil granule membrane / ion channel inhibitor activity / potassium channel activity / autophagosome membrane / ficolin-1-rich granule membrane / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / エンドソーム / 筋鞘 / neuron cellular homeostasis / メラノソーム / シナプス小胞 / late endosome / virus receptor activity / late endosome membrane / リソソーム / protein stabilization / endosome membrane / エンドソーム / lysosomal membrane / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J.Y. / Zeng, W.Z. / Han, Y. / Jiang, Y.X. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Lysosomal LAMP proteins regulate lysosomal pH by direct inhibition of the TMEM175 channel. 著者: Jiyuan Zhang / Weizhong Zeng / Yan Han / Wan-Ru Lee / Jen Liou / Youxing Jiang / 要旨: Maintaining a highly acidic lysosomal pH is central to cellular physiology. Here, we use functional proteomics, single-particle cryo-EM, electrophysiology, and in vivo imaging to unravel a key ...Maintaining a highly acidic lysosomal pH is central to cellular physiology. Here, we use functional proteomics, single-particle cryo-EM, electrophysiology, and in vivo imaging to unravel a key biological function of human lysosome-associated membrane proteins (LAMP-1 and LAMP-2) in regulating lysosomal pH homeostasis. Despite being widely used as a lysosomal marker, the physiological functions of the LAMP proteins have long been overlooked. We show that LAMP-1 and LAMP-2 directly interact with and inhibit the activity of the lysosomal cation channel TMEM175, a key player in lysosomal pH homeostasis implicated in Parkinson's disease. This LAMP inhibition mitigates the proton conduction of TMEM175 and facilitates lysosomal acidification to a lower pH environment crucial for optimal hydrolase activity. Disrupting the LAMP-TMEM175 interaction alkalinizes the lysosomal pH and compromises the lysosomal hydrolytic function. In light of the ever-increasing importance of lysosomes to cellular physiology and diseases, our data have widespread implications for lysosomal biology. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fyf.cif.gz | 286.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fyf.ent.gz | 231.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fyf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/8fyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/8fyf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 29572MC 8fy5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55667.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM175 / 細胞株 (発現宿主): Freestyle 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSA9 #2: タンパク質 | 分子量: 44928.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMP1 / 細胞株 (発現宿主): Freestyle 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11279 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TMEM175-LAMP1 transmembrane domain only / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Freestyle 293F |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.5/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44240 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |