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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fsj | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of engineered hepatitis C virus E1E2 ectodomain in complex with antibodies AR4A, HEPC74, and IGH520 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / HCV / E1E2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / viral envelope ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / viral envelope / host cell nucleus / apoptotic process / virion membrane / structural molecule activity / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepacivirus C (ウイルス) synthetic construct (人工物) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | ||||||
データ登録者 | Metcalf, M.C. / Ofek, G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of engineered hepatitis C virus E1E2 ectodomain in complex with neutralizing antibodies. 著者: Matthew C Metcalf / Benjamin M Janus / Rui Yin / Ruixue Wang / Johnathan D Guest / Edwin Pozharski / Mansun Law / Roy A Mariuzza / Eric A Toth / Brian G Pierce / Thomas R Fuerst / Gilad Ofek / 要旨: Hepatitis C virus (HCV) is a major global health burden as the leading causative agent of chronic liver disease and hepatocellular carcinoma. While the main antigenic target for HCV-neutralizing ...Hepatitis C virus (HCV) is a major global health burden as the leading causative agent of chronic liver disease and hepatocellular carcinoma. While the main antigenic target for HCV-neutralizing antibodies is the membrane-associated E1E2 surface glycoprotein, the development of effective vaccines has been hindered by complications in the biochemical preparation of soluble E1E2 ectodomains. Here, we present a cryo-EM structure of an engineered, secreted E1E2 ectodomain of genotype 1b in complex with neutralizing antibodies AR4A, HEPC74, and IGH520. Structural characterization of the E1 subunit and C-terminal regions of E2 reveal an overall architecture of E1E2 that concurs with that observed for non-engineered full-length E1E2. Analysis of the AR4A epitope within a region of E2 that bridges between the E2 core and E1 defines the structural basis for its broad neutralization. Our study presents the structure of an E1E2 complex liberated from membrane via a designed scaffold, one that maintains all essential structural features of native E1E2. The study advances the understanding of the E1E2 heterodimer structure, crucial for the rational design of secreted E1E2 antigens in vaccine development. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fsj.cif.gz | 237.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fsj.ent.gz | 187.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fsj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fsj_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fsj_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fsj_validation.xml.gz | 47.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fsj_validation.cif.gz | 69.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/8fsj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/8fsj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29419MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 EAC
#1: タンパク質 | 分子量: 42975.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス), (組換発現) synthetic construct (人工物) 株: 1b09 / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney / 参照: UniProt: A0A2P0NE15 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 22951.379 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 22-179 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス), (組換発現) synthetic construct (人工物) 株: 1b09 / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney / 参照: UniProt: A0A2P0NE34 |
#6: タンパク質 | 分子量: 31862.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney |
-抗体 , 3種, 3分子 HLB
#2: 抗体 | 分子量: 27644.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney |
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#3: 抗体 | 分子量: 23470.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney |
#5: 抗体 | 分子量: 25743.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney |
-糖 , 3種, 14分子
#7: 多糖 | #8: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HCV E1E2 ectodomain in complex with AR4A, HEPC74, and IGH520 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.250 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Hepacivirus C (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2620845 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143576 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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