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- PDB-8fkr: Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State B1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fkr
タイトルHuman nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State B1)
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 25
  • (Ribosome biogenesis protein ...リボソーム生合成) x 3
  • 28S rRNA28SリボソームRNA
  • 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
  • ATP-dependent RNA helicase DDX18
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • GTP-binding protein 4
  • Guanine nucleotide-binding protein-like 3
  • ITS2 rRNA
  • MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein
  • Nucleolar protein 16核小体
  • Pescadillo homolog
  • Probable rRNA-processing protein EBP2
  • Probable ribosome biogenesis protein RLP24
  • Protein MAK16 homolog
  • RRP15-like protein
  • Ribosomal L1 domain-containing protein 1
  • Ribosomal RNA processing protein 1 homolog A
  • Ribosome biogenesis regulatory protein homolog
  • Ribosome production factor 1
  • Suppressor of SWI4 1 homolog
  • Surfeit locus protein 6
  • WD repeat-containing protein 74
  • mRNA turnover protein 4 homolog
  • pre-rRNA 2'-O-ribose RNA methyltransferase FTSJ3
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Pre-60S ribosomal subunit / Assembly intermediate / Nucleoprotein complex (核タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 2'-O-methyltransferase activity / 核小体 / positive regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / RNA metabolic process / negative regulation of collagen binding / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / preribosome binding / regulation of cellular senescence / lamin filament ...RNA 2'-O-methyltransferase activity / 核小体 / positive regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / RNA metabolic process / negative regulation of collagen binding / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / preribosome binding / regulation of cellular senescence / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of megakaryocyte differentiation / PeBoW complex / メチル化 / positive regulation of protein sumoylation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / stem cell division / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / positive regulation of telomere maintenance / ribosomal protein import into nucleus / rRNA primary transcript binding / blastocyst formation / TORC2 complex binding / protein localization to nucleolus / GAIT complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / A band / regulation of reactive oxygen species metabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / regulation of G1 to G0 transition / regulation of glycolytic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / preribosome, small subunit precursor / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mitotic metaphase chromosome alignment / G1 to G0 transition / stem cell population maintenance / rRNA metabolic process / maturation of 5.8S rRNA / homeostatic process / negative regulation of cell-cell adhesion / lung morphogenesis / negative regulation of DNA replication / ヒドロキシル化 / macrophage chemotaxis / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Peptide chain elongation / ribosomal large subunit binding / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / rRNA transcription / Formation of a pool of free 40S subunits / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / blastocyst development / preribosome, large subunit precursor / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to interleukin-4 / ribosomal subunit export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / hematopoietic progenitor cell differentiation / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / 90S preribosome / 小胞体 / cytosolic ribosome / MDM2/MDM4 family protein binding / negative regulation of protein ubiquitination / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / translation initiation factor activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear periphery / maturation of LSU-rRNA / negative regulation of cell migration / assembly of large subunit precursor of preribosome / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / regulation of signal transduction by p53 class mediator / condensed nuclear chromosome / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / response to insulin / 骨 / ribosomal large subunit assembly / cellular response to gamma radiation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA-processing protein 15 / Protein Peter Pan-like / Rrp15p / Surfeit locus 6 / Ribosomal RNA-processing protein 14/surfeit locus protein 6, C-terminal domain / Surfeit locus protein 6 / WDR74/Nsa1 / MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein, FHA Ki67 binding / FHA Ki67 binding domain of hNIFK / Ribosomal RNA processing protein 1-like ...Ribosomal RNA-processing protein 15 / Protein Peter Pan-like / Rrp15p / Surfeit locus 6 / Ribosomal RNA-processing protein 14/surfeit locus protein 6, C-terminal domain / Surfeit locus protein 6 / WDR74/Nsa1 / MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein, FHA Ki67 binding / FHA Ki67 binding domain of hNIFK / Ribosomal RNA processing protein 1-like / Nucleolar protein,Nop52 / Mak16 protein / Mak16 protein C-terminal region / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1-like / Spb1 C-terminal domain / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, DUF3381 / Ribosomal biogenesis regulatory protein / Ribosome biogenesis regulatory protein (RRS1) / Eukaryotic rRNA processing / Eukaryotic rRNA processing protein EBP2 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / Ribosome biogenesis protein BRX1 / DDX18/Has1, DEAD-box helicase domain / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Domain of unknown function DUF4217 / Domain of unknown function (DUF4217) / DUF4217 / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / Guanine nucleotide-binding protein-like 3, N-terminal domain / GNL3L/Grn1 putative GTPase / U3 snoRNP protein/Ribosome production factor 1 / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / Ribosomal protein L24e / Ribosomal biogenesis NSA2 family / Ribosome assembly factor Mrt4 / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L6, N-terminal / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Ribosomal protein L23 / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / GTP binding domain / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / metallochaperone-like domain / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / TRASH domain / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / breast cancer carboxy-terminal domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L14, KOW motif / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L14
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / 鉄・硫黄クラスター / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Pescadillo homolog ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / 鉄・硫黄クラスター / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Pescadillo homolog / Surfeit locus protein 6 / Ribosomal L1 domain-containing protein 1 / Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Ribosomal RNA processing protein 1 homolog A / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Ribosome biogenesis protein BOP1 / Ribosome biogenesis regulatory protein homolog / Ribosomal protein uL30-like / WD repeat-containing protein 74 / pre-rRNA 2'-O-ribose RNA methyltransferase FTSJ3 / Ribosome biogenesis protein BRX1 homolog / Probable rRNA-processing protein EBP2 / Guanine nucleotide-binding protein-like 3 / Protein MAK16 homolog / MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein / GTP-binding protein 4 / Ribosome production factor 1 / Suppressor of SWI4 1 homolog / ATP-dependent RNA helicase DDX18 / Probable ribosome biogenesis protein RLP24 / mRNA turnover protein 4 homolog / RRP15-like protein / Nucleolar protein 16 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Vanden Broeck, A. / Klinge, S.
資金援助European Union, 米国, 2件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 711-2019European Union
The G. Harold and Leila Y. Mathers FoundationMF-2104-01554 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Principles of human pre-60 biogenesis.
著者: Arnaud Vanden Broeck / Sebastian Klinge /
要旨: During the early stages of human large ribosomal subunit (60) biogenesis, an ensemble of assembly factors establishes and fine-tunes the essential RNA functional centers of pre-60 particles by an ...During the early stages of human large ribosomal subunit (60) biogenesis, an ensemble of assembly factors establishes and fine-tunes the essential RNA functional centers of pre-60 particles by an unknown mechanism. Here, we report a series of cryo-electron microscopy structures of human nucleolar and nuclear pre-60 assembly intermediates at resolutions of 2.5 to 3.2 angstroms. These structures show how protein interaction hubs tether assembly factor complexes to nucleolar particles and how guanosine triphosphatases and adenosine triphosphatase couple irreversible nucleotide hydrolysis steps to the installation of functional centers. Nuclear stages highlight how a conserved RNA-processing complex, the rixosome, couples large-scale RNA conformational changes with pre-ribosomal RNA processing by the RNA degradation machinery. Our ensemble of human pre-60 particles provides a rich foundation with which to elucidate the molecular principles of ribosome formation.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BA: 60S ribosomal protein L12
L1: 5.8S rRNA
L2: ITS2 rRNA
L3: 28S rRNA
L6: 60S ribosomal protein L13
L7: 60S ribosomal protein L13a
L8: 60S ribosomal protein L14
L9: 60S ribosomal protein L15
LA: 60S ribosomal protein L17
LB: 60S ribosomal protein L18
LC: 60S ribosomal protein L18a
LE: 60S ribosomal protein L21
LG: 60S ribosomal protein L23
LH: 60S ribosomal protein L23a
LI: 60S ribosomal protein L26
LK: 60S ribosomal protein L27a
LN: 60S ribosomal protein L3
LQ: 60S ribosomal protein L32
LS: 60S ribosomal protein L35
LT: 60S ribosomal protein L35a
LU: 60S ribosomal protein L36
LW: 60S ribosomal protein L37
NB: Guanine nucleotide-binding protein-like 3
NE: Surfeit locus protein 6
NF: Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog
NG: RRP15-like protein
NM: Protein MAK16 homolog
NN: Suppressor of SWI4 1 homolog
NO: Ribosomal RNA processing protein 1 homolog A
NQ: WD repeat-containing protein 74
NS: Ribosome production factor 1
SA: 60S ribosomal protein L4
SC: 60S ribosomal protein L6
SD: 60S ribosomal protein L7
SE: 60S ribosomal protein L7a
SG: 60S ribosomal protein L9
SH: MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein
SI: 60S ribosomal protein L7-like 1
SJ: pre-rRNA 2'-O-ribose RNA methyltransferase FTSJ3
SK: Eukaryotic translation initiation factor 6
SL: Ribosomal L1 domain-containing protein 1
SM: Pescadillo homolog
SN: Probable rRNA-processing protein EBP2
SO: Ribosome biogenesis protein BRX1 homolog
SQ: mRNA turnover protein 4 homolog
SR: GTP-binding protein 4
SS: Ribosome biogenesis protein BOP1
ST: Ribosome biogenesis regulatory protein homolog
SV: Probable ribosome biogenesis protein RLP24
SW: ATP-dependent RNA helicase DDX18
SZ: Nucleolar protein 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,726,511110
ポリマ－3,724,23451
非ポリマー2,27759
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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60S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 BAL6L7L8L9LALBLCLELGLHLILKLNLQLSLTLULWSASCSDSESGSI

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L12 / / Large ribosomal subunit protein uL11


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P30050
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / / Breast basic conserved protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P26373
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / / 23 kDa highly basic protein / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P40429
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / / CAG-ISL 7 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P50914
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61313
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P18621
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q07020
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q02543
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P46778
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / / 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62829
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62750
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61254
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P46776
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 46224.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P39023
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62910
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P42766
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P18077
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / / G1.16


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61927
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P36578
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / / Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer ...Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q02878
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P18124
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62424
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P32969
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L7-like 1 / リボソーム / Large ribosomal subunit protein uL30-like 1


分子量: 29730.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q6DKI1

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 L1L2L3

#2: RNA鎖 5.8S rRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: GenBank: 555853
#3: RNA鎖 ITS2 rRNA


分子量: 376425.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: GenBank: 86475748
#4: RNA鎖 28S rRNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1640222.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: GenBank: 86475748

-
タンパク質 , 20種, 20分子 NBNENGNMNNNONQNSSHSJSKSLSMSNSQSRSTSVSWSZ

#23: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein-like 3 / E2-induced gene 3 protein / Novel nucleolar protein 47 / NNP47 / Nucleolar GTP-binding protein 3 / ...E2-induced gene 3 protein / Novel nucleolar protein 47 / NNP47 / Nucleolar GTP-binding protein 3 / Nucleostemin


分子量: 62098.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9BVP2
#24: タンパク質 Surfeit locus protein 6


分子量: 41553.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O75683
#26: タンパク質 RRP15-like protein / Ribosomal RNA-processing protein 15


分子量: 31539.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9Y3B9
#27: タンパク質 Protein MAK16 homolog / NNP78 / Protein RBM13


分子量: 35469.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9BXY0
#28: タンパク質 Suppressor of SWI4 1 homolog / Ssf-1 / Brix domain-containing protein 3 / Peter Pan homolog


分子量: 53292.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9NQ55
#29: タンパク質 Ribosomal RNA processing protein 1 homolog A / Novel nuclear protein 1 / NNP-1 / Nucleolar protein Nop52 / RRP1-like protein


分子量: 52927.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P56182
#30: タンパク質 WD repeat-containing protein 74 / NOP seven-associated protein 1


分子量: 42501.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q6RFH5
#31: タンパク質 Ribosome production factor 1 / Brix domain-containing protein 5 / Ribosome biogenesis protein RPF1


分子量: 40189.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9H9Y2
#37: タンパク質 MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein / Nucleolar phosphoprotein Nopp34 / Nucleolar protein interacting with the FHA domain of pKI-67 / hNIFK


分子量: 34285.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9BYG3
#39: タンパク質 pre-rRNA 2'-O-ribose RNA methyltransferase FTSJ3 / Protein ftsJ homolog 3 / Putative rRNA methyltransferase 3


分子量: 96726.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F
参照: UniProt: Q8IY81, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#40: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6 / B(2)GCN homolog / B4 integrin interactor / CAB / p27(BBP)


分子量: 26620.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P56537
#41: タンパク質 Ribosomal L1 domain-containing protein 1 / CATX-11 / Cellular senescence-inhibited gene protein / Protein PBK1


分子量: 55089.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O76021
#42: タンパク質 Pescadillo homolog


分子量: 68114.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O00541
#43: タンパク質 Probable rRNA-processing protein EBP2 / EBNA1-binding protein 2 / Nucleolar protein p40


分子量: 34925.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q99848
#45: タンパク質 mRNA turnover protein 4 homolog / Ribosome assembly factor MRTO4


分子量: 27602.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9UKD2
#46: タンパク質 GTP-binding protein 4 / Chronic renal failure gene protein / GTP-binding protein NGB / Nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 74107.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9BZE4
#48: タンパク質 Ribosome biogenesis regulatory protein homolog


分子量: 41278.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q15050
#49: タンパク質 Probable ribosome biogenesis protein RLP24 / Ribosomal L24 domain-containing protein 1 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 19666.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9UHA3
#50: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DDX18 / DEAD box protein 18 / Myc-regulated DEAD box protein / MrDb


分子量: 75526.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9NVP1, ヘリカーゼ
#51: タンパク質 Nucleolar protein 16 / 核小体 / HBV pre-S2 trans-regulated protein 3


分子量: 21234.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9Y3C1

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Ribosome biogenesis protein ... , 3種, 3分子 NFSOSS

#25: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog / リボソーム生合成 / Hairy cell leukemia protein 1 / TGF-beta-inducible nuclear protein 1


分子量: 30136.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O95478
#44: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BRX1 homolog / リボソーム生合成 / Brix domain-containing protein 2


分子量: 41483.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q8TDN6
#47: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BOP1 / リボソーム生合成 / Block of proliferation 1 protein


分子量: 83901.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q14137

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非ポリマー , 5種, 59分子

#52: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#53: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#54: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#55: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#56: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State B1)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Cell: HEK293F
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K
詳細: Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 172699
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION4粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
9RELION4初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
11RELION4分類
12cryoSPARC3.3.2分類
13cryoSPARC3.3.2３次元再構成
20PHENIX1.19.1モデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 15679142
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21669 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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