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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fkq | |||||||||
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タイトル | Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State A2) | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Pre-60S ribosomal subunit / Assembly intermediate / Nucleoprotein complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA 2'-O-methyltransferase activity / granular component / negative regulation of collagen binding / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / preribosome binding / regulation of cellular senescence / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / RNA methylation ...RNA 2'-O-methyltransferase activity / granular component / negative regulation of collagen binding / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / preribosome binding / regulation of cellular senescence / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / RNA methylation / regulation of megakaryocyte differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / PeBoW complex / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / ribosomal protein import into nucleus / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / blastocyst formation / protein localization to nucleolus / TORC2 complex binding / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / GAIT complex / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of glycolytic process / A band / regulation of G1 to G0 transition / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / preribosome, small subunit precursor / mitotic metaphase chromosome alignment / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / rRNA metabolic process / negative regulation of cell-cell adhesion / G1 to G0 transition / homeostatic process / maturation of 5.8S rRNA / negative regulation of DNA replication / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / Protein hydroxylation / ribosomal large subunit binding / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / rRNA transcription / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / blastocyst development / preribosome, large subunit precursor / ubiquitin ligase inhibitor activity / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / condensed nuclear chromosome / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / cellular response to interleukin-4 / hematopoietic progenitor cell differentiation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribosomal subunit export from nucleus / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / cytosolic ribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rough endoplasmic reticulum / MDM2/MDM4 family protein binding / negative regulation of protein ubiquitination / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / nuclear periphery / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / molecular condensate scaffold activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of cell migration / cytosolic ribosome assembly / regulation of signal transduction by p53 class mediator / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / response to insulin / bone development / cellular response to gamma radiation / cellular response to type II interferon / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / osteoblast differentiation / rRNA processing 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Vanden Broeck, A. / Klinge, S. | |||||||||
資金援助 | European Union, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: Principles of human pre-60 biogenesis. 著者: Arnaud Vanden Broeck / Sebastian Klinge / 要旨: During the early stages of human large ribosomal subunit (60) biogenesis, an ensemble of assembly factors establishes and fine-tunes the essential RNA functional centers of pre-60 particles by an ...During the early stages of human large ribosomal subunit (60) biogenesis, an ensemble of assembly factors establishes and fine-tunes the essential RNA functional centers of pre-60 particles by an unknown mechanism. Here, we report a series of cryo-electron microscopy structures of human nucleolar and nuclear pre-60 assembly intermediates at resolutions of 2.5 to 3.2 angstroms. These structures show how protein interaction hubs tether assembly factor complexes to nucleolar particles and how guanosine triphosphatases and adenosine triphosphatase couple irreversible nucleotide hydrolysis steps to the installation of functional centers. Nuclear stages highlight how a conserved RNA-processing complex, the rixosome, couples large-scale RNA conformational changes with pre-ribosomal RNA processing by the RNA degradation machinery. Our ensemble of human pre-60 particles provides a rich foundation with which to elucidate the molecular principles of ribosome formation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fkq.cif.gz | 2.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fkq.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8fkq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/8fkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/8fkq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 29253MC 8fkpC 8fkrC 8fksC 8fktC 8fkuC 8fkvC 8fkwC 8fkxC 8fkyC 8fkzC 8fl0C 8fl2C 8fl3C 8fl4C 8fl6C 8fl7C 8fl9C 8flaC 8flbC 8flcC 8fldC 8fleC 8flfC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 L1L2L3
#1: RNA鎖 | 分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: GenBank: 555853 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 376425.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: GenBank: 86475748 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 1640222.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: GenBank: 86475748 |
+60S ribosomal protein ... , 24種, 24分子 L6L7L8L9LALBLCLELGLHLILKLLLNLQLSLTLULWSASCSDSESI
-タンパク質 , 14種, 14分子 NENGNNSHSJSKSLSMSNSRSTSVSWSZ
#23: タンパク質 | 分子量: 41553.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O75683 |
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#24: タンパク質 | 分子量: 31539.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9Y3B9 |
#25: タンパク質 | 分子量: 53292.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9NQ55 |
#30: タンパク質 | 分子量: 34285.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9BYG3 |
#32: タンパク質 | 分子量: 96726.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F 参照: UniProt: Q8IY81, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
#33: タンパク質 | 分子量: 26620.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P56537 |
#34: タンパク質 | 分子量: 55089.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O76021 |
#35: タンパク質 | 分子量: 68114.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O00541 |
#36: タンパク質 | 分子量: 34925.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q99848 |
#38: タンパク質 | 分子量: 74107.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9BZE4 |
#40: タンパク質 | 分子量: 41278.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q15050 |
#41: タンパク質 | 分子量: 19666.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9UHA3 |
#42: タンパク質 | 分子量: 75526.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9NVP1, RNA helicase |
#43: タンパク質 | 分子量: 21234.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9Y3C1 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 2分子 SOSS
#37: タンパク質 | 分子量: 41483.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q8TDN6 |
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#39: タンパク質 | 分子量: 83901.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q14137 |
-非ポリマー , 2種, 53分子
#44: 化合物 | ChemComp-MG / #45: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State A2) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#43 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293F |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K 詳細: Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 172699 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 15679142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68600 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |