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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f2k | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A | ||||||||||||||||||
要素 | (ATP synthase subunit ...) x 3 | ||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / F1-ATPase / ATP Synthase / cruentaren A / drug development | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Guo, H. / Rubinstein, J.L. | ||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2023 タイトル: CryoEM Structure with ATP Synthase Enables Late-Stage Diversification of Cruentaren A. 著者: Xiaozheng Dou / Hui Guo / Terin D'Amico / Leah Abdallah / Chitra Subramanian / Bhargav A Patel / Mark Cohen / John L Rubinstein / Brian S J Blagg / 要旨: Cruentaren A is a natural product that exhibits potent antiproliferative activity against various cancer cell lines, yet its binding site within ATP synthase remained unknown, thus limiting the ...Cruentaren A is a natural product that exhibits potent antiproliferative activity against various cancer cell lines, yet its binding site within ATP synthase remained unknown, thus limiting the development of improved analogues as anticancer agents. Herein, we report the cryogenic electron microscopy (cryoEM) structure of cruentaren A bound to ATP synthase, which allowed the design of new inhibitors through semisynthetic modification. Examples of cruentaren A derivatives include a trans-alkene isomer, which was found to exhibit similar activity to cruentaren A against three cancer cell lines as well as several other analogues that retained potent inhibitory activity. Together, these studies provide a foundation for the generation of cruentaren A derivatives as potential therapeutics for the treatment of cancer. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f2k.cif.gz | 554.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f2k.ent.gz | 448.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f2k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f2k_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f2k_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8f2k_validation.xml.gz | 87.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f2k_validation.cif.gz | 130.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/8f2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/8f2k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28818MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATP synthase subunit ... , 3種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 52376.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4L9 #2: タンパク質 | 分子量: 50379.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: A0A6A5PX46, H+-transporting two-sector ATPase #3: タンパク質 | | 分子量: 30399.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q493 |
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-非ポリマー , 3種, 12分子
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Yeast F1-ATPase with 100 micromolar cruentaren A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 倍率(補正後): 133815 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8.4 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 5814 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1352159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 701444 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2HLD Accession code: 2HLD / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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