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- PDB-8evi: CX3CR1 nucleosome and PU.1 complex containing disulfide bond mutations -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8evi
タイトルCX3CR1 nucleosome and PU.1 complex containing disulfide bond mutations
要素
  • (DNA (167-MER)) x 2
  • (Histone H2A type 2- ...) x 2
  • Histone H2B type 2-E
  • Histone H3.1
  • Histone H4
  • Single-chain variable fragment
  • Transcription factor PU.1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / nucleosome / transcription factor / transcription / chromatin binding protein-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


anatomical structure regression / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of neutrophil degranulation / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / positive regulation of antifungal innate immune response / pro-T cell differentiation / follicular B cell differentiation / positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / granulocyte differentiation / myeloid leukocyte differentiation ...anatomical structure regression / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of neutrophil degranulation / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / positive regulation of antifungal innate immune response / pro-T cell differentiation / follicular B cell differentiation / positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / granulocyte differentiation / myeloid leukocyte differentiation / germinal center B cell differentiation / lymphoid progenitor cell differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / lymphocyte differentiation / immature B cell differentiation / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / endothelial to hematopoietic transition / pericyte cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / negative regulation of adipose tissue development / defense response to tumor cell / oncogene-induced cell senescence / vasculature development / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / somatic stem cell population maintenance / DNA-binding transcription repressor activity / regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of B cell differentiation / STAT family protein binding / interleukin-6-mediated signaling pathway / NFAT protein binding / DNA-binding transcription activator activity / macrophage differentiation / cellular response to ethanol / osteoclast differentiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein localization to chromatin / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / erythrocyte differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Transcriptional regulation by small RNAs / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / protein sequestering activity / nucleosomal DNA binding / HDMs demethylate histones / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / positive regulation of miRNA transcription / G2/M DNA damage checkpoint / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of granulopoiesis / innate immune response in mucosa / RMTs methylate histone arginines / Metalloprotease DUBs / HCMV Early Events
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. ...Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Transcription factor PU.1 / Histone H4 / Histone H3.1 / Histone H2A type 2-C / Histone H2B type 2-E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Lian, T. / Guan, R. / Bai, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural mechanism of synergistic targeting of the CX3CR1 nucleosome by PU.1 and C/EBPα.
著者: Tengfei Lian / Ruifang Guan / Bing-Rui Zhou / Yawen Bai /
要旨: Pioneer transcription factors are vital for cell fate changes. PU.1 and C/EBPα work together to regulate hematopoietic stem cell differentiation. However, how they recognize in vivo nucleosomal DNA ...Pioneer transcription factors are vital for cell fate changes. PU.1 and C/EBPα work together to regulate hematopoietic stem cell differentiation. However, how they recognize in vivo nucleosomal DNA targets remains elusive. Here we report the structures of the nucleosome containing the mouse genomic CX3CR1 enhancer DNA and its complexes with PU.1 alone and with both PU.1 and the C/EBPα DNA binding domain. Our structures reveal that PU.1 binds the DNA motif at the exit linker, shifting 17 bp of DNA into the core region through interactions with H2A, unwrapping ~20 bp of nucleosomal DNA. C/EBPα binding, aided by PU.1's repositioning, unwraps ~25 bp of entry DNA. The PU.1 Q218H mutation, linked to acute myeloid leukemia, disrupts PU.1-H2A interactions. PU.1 and C/EBPα jointly displace linker histone H1 and open the H1-condensed nucleosome array. Our study unveils how two pioneer factors can work cooperatively to open closed chromatin by altering DNA positioning in the nucleosome.
履歴
登録2022年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / em_author_list
Item: _audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_author_list.author
改定 1.32024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: DNA (167-MER)
I: DNA (167-MER)
A: Histone H3.1
B: Histone H4
C: Histone H2A type 2-C
D: Histone H2B type 2-E
E: Histone H3.1
F: Histone H4
G: Histone H2A type 2-C
H: Histone H2B type 2-E
M: Single-chain variable fragment
N: Single-chain variable fragment
O: Transcription factor PU.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,62613
ポリマ－303,62613
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 JI

#1: DNA鎖 DNA (167-MER)


分子量: 51538.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: DNA鎖 DNA (167-MER)


分子量: 51558.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質 , 4種, 7分子 AEBFDHO

#3: タンパク質 Histone H3.1 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 15437.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, ...遺伝子: H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, HIST1H3I, H3C12, H3FJ, HIST1H3J
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P68431
#4: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P62805
#6: タンパク質 Histone H2B type 2-E / H2B-clustered histone 21 / Histone H2B-GL105 / Histone H2B.q / H2B/q


分子量: 13951.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC21, H2BFQ, HIST2H2BE
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q16778
#9: タンパク質 Transcription factor PU.1 / 31 kDa-transforming protein / SFFV proviral integration 1 protein


分子量: 32865.844 Da / 分子数: 1 / Mutation: G220C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Spi1, Sfpi-1, Sfpi1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P17433

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Histone H2A type 2- ... , 2種, 2分子 CG

#5: タンパク質 Histone H2A type 2-C / H2A-clustered histone 20 / Histone H2A-GL101 / Histone H2A/q


分子量: 14019.467 Da / 分子数: 1 / Mutation: T77C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC20, H2AFQ, HIST2H2AC
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q16777
#7: タンパク質 Histone H2A type 2-C / H2A-clustered histone 20 / Histone H2A-GL101 / Histone H2A/q


分子量: 14017.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC20, H2AFQ, HIST2H2AC
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q16777

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抗体 , 1種, 2分子 MN

#8: 抗体 Single-chain variable fragment


分子量: 29030.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: nucleosome PU.1 mutant complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
41Escherichia coli (大腸菌)562
51Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 7.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 53.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127327 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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