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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8emh | ||||||
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タイトル | CryoEM characterization of a unique AAA+ BrxL phage restriction factor | ||||||
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![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / phage restriction factor / AAA+ protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å | ||||||
![]() | Shen, B.W. / Stoddard, B.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure, substrate binding and activity of a unique AAA+ protein: the BrxL phage restriction factor. 著者: Betty W Shen / Lindsey A Doyle / Rachel Werther / Abigail A Westburg / Daniel P Bies / Stephanie I Walter / Yvette A Luyten / Richard D Morgan / Barry L Stoddard / Brett K Kaiser / ![]() 要旨: Bacteriophage exclusion ('BREX') systems are multi-protein complexes encoded by a variety of bacteria and archaea that restrict phage by an unknown mechanism. One BREX factor, termed BrxL, has been ...Bacteriophage exclusion ('BREX') systems are multi-protein complexes encoded by a variety of bacteria and archaea that restrict phage by an unknown mechanism. One BREX factor, termed BrxL, has been noted to display sequence similarity to various AAA+ protein factors including Lon protease. In this study we describe multiple CryoEM structures of BrxL that demonstrate it to be a chambered, ATP-dependent DNA binding protein. The largest BrxL assemblage corresponds to a dimer of heptamers in the absence of bound DNA, versus a dimer of hexamers when DNA is bound in its central pore. The protein displays DNA-dependent ATPase activity, and ATP binding promotes assembly of the complex on DNA. Point mutations within several regions of the protein-DNA complex alter one or more in vitro behaviors and activities, including ATPase activity and ATP-dependent association with DNA. However, only the disruption of the ATPase active site fully eliminates phage restriction, indicating that other mutations can still complement BrxL function within the context of an otherwise intact BREX system. BrxL displays significant structural homology to MCM subunits (the replicative helicase in archaea and eukaryotes), implying that it and other BREX factors may collaborate to disrupt initiation of phage DNA replication. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 213.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 319 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 28248MC ![]() 8eilC ![]() 8emcC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75702.555 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: brxL, HUK62_18280 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 19689.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 19485.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: complex of walkerB mutant of BrxL with random sequence of DNA fragments タイプ: COMPLEX 詳細: 12 strands of KrxL E280Q mutant bound to short random sequence DNA fragments. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.950 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM TrisHCl, 150 mM NaCl |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was mono-disperse |
試料支持 | 詳細: 40 / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 275 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 12100 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-10 (5k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-49 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3241183 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 229430 / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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