PDB-8em6: Bacteriophage HRP29 Procapsid Icosohedral Reconstruction

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8em6

タイトル

Bacteriophage HRP29 Procapsid Icosohedral Reconstruction

要素

Gp37

キーワード

VIRUS / HRP29

機能・相同性

Putative capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Shigella phage Buco (ファージ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Subramanian, S. / Bergland Drarvik, S.M. / Parent, K.N.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM110185	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM116789	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM140803	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	1750125	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Shigella bacteriophage HRP29
著者: Subramanian, S. / Bergland Drarvik, S.M. / Parent, K.N.

履歴

登録	2022年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8em6.cif.gz	355 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8em6.ent.gz	288.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8em6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8em6_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8em6_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8em6_validation.xml.gz	83.9 KB	表示
CIF形式データ	8em6_validation.cif.gz	122.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8em6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8em6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	28238MC 28226C 28227C 28562C 8eldC 8es4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gp37

B: Gp37

C: Gp37

D: Gp37

E: Gp37

F: Gp37

G: Gp37

258 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gp37

B: Gp37

C: Gp37

D: Gp37

E: Gp37

F: Gp37

G: Gp37

x 60

complete icosahedral assembly
根拠: 電子顕微鏡法
15.5 MDa, 420 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
icosahedral asymmetric unit

3

A: Gp37

B: Gp37

C: Gp37

D: Gp37

E: Gp37

F: Gp37

G: Gp37

x 5

icosahedral pentamer
1.29 MDa, 35 ポリマー

4

A: Gp37

B: Gp37

C: Gp37

D: Gp37

E: Gp37

F: Gp37

G: Gp37

x 6

icosahedral 23 hexamer
1.55 MDa, 42 ポリマー

5

登録構造と同一（異なる座標系）
icosahedral asymmetric unit, std point frame

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

#1: タンパク質	Gp37 分子量: 36911.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Shigella phage Buco (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482JKU4

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Shigella phage HRP29 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL

由来(天然)

生物種:

Shigella phage Buco (ファージ)

ウイルスについての詳細

中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION

天然宿主

生物種: Shigella flexneri Y

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	10 mM	tris(hydroxymethyl)aminomethane		1
2	10 mM	magnesium chloride	MgCl₂	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 38.2 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
4	CTFFIND		CTF補正
10	RELION	3.1.1	初期オイラー角割当
11	RELION	3.1.1	最終オイラー角割当
13	RELION		３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60962 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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