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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8edg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Hermes transposase bound to two left-ends of its DNA transposon | ||||||
要素 |
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キーワード | RECOMBINATION/DNA / transposase / transpososome / BED domain / protein-DNA complex / RECOMBINATION / RECOMBINATION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleic acid metabolic process / protein dimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Musca domestica (イエバエ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.64 Å | ||||||
データ登録者 | Lannes, L. / Dyda, F. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Zinc-finger BED domains drive the formation of the active Hermes transpososome by asymmetric DNA binding. 著者: Laurie Lannes / Christopher M Furman / Alison B Hickman / Fred Dyda / 要旨: The Hermes DNA transposon is a member of the eukaryotic hAT superfamily, and its transposase forms a ring-shaped tetramer of dimers. Our investigation, combining biochemical, crystallography and cryo- ...The Hermes DNA transposon is a member of the eukaryotic hAT superfamily, and its transposase forms a ring-shaped tetramer of dimers. Our investigation, combining biochemical, crystallography and cryo-electron microscopy, and in-cell assays, shows that the full-length Hermes octamer extensively interacts with its transposon left-end through multiple BED domains of three Hermes protomers contributed by three dimers explaining the role of the unusual higher-order assembly. By contrast, the right-end is bound to no BED domains at all. Thus, this work supports a model in which Hermes multimerizes to gather enough BED domains to find its left-end among the abundant genomic DNA, facilitating the subsequent interaction with the right-end. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8edg.cif.gz | 531.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8edg.ent.gz | 422.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8edg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8edg_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8edg_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8edg_validation.xml.gz | 79.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8edg_validation.cif.gz | 120.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/8edg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/8edg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2162.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ) #2: DNA鎖 | 分子量: 14173.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ) #3: DNA鎖 | 分子量: 16931.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ) #4: タンパク質 | 分子量: 70210.570 Da / 分子数: 6 / Mutation: Q2E,K128G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Musca domestica (イエバエ) / プラスミド: pBAD/Myc-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: Q25438 #5: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Two left-end Hermes transpososome / タイプ: COMPLEX 詳細: Hermes transposase tetramer of dimers complex bound to two transposon left-end DNAs. The complex was obtained by mixing the purified protein and the DNA. Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.627 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Musca domestica (イエバエ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The complex was formed in vitro by mixing the purified protein with the DNA and further purified by size exclusion chromatography. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 22.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9500 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3850000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143400 詳細: The 3D reconstruction is not representative of the complex in solution. The Hermes transposase forms a tetramer of dimers assembled in a ring like shape. Due to their low resolution two ...詳細: The 3D reconstruction is not representative of the complex in solution. The Hermes transposase forms a tetramer of dimers assembled in a ring like shape. Due to their low resolution two Hermes dimers have been partially or completely masked out during the processing. Only the opposite two Hermes dimers interacting with the DNAs have been fully reconstructed, along with the two DNAs and the two BED domains of a third Hermes dimer. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 173.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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