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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ea0 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of miniGq-coupled hM3R in complex with iperoxo (local refinement) | |||||||||
要素 | Muscarinic acetylcholine receptor M3 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GPCR / IXO / active state / hM3R / Iperoxo | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of monoatomic ion transmembrane transporter activity / saliva secretion / Muscarinic acetylcholine receptors / Acetylcholine regulates insulin secretion / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle contraction ...regulation of monoatomic ion transmembrane transporter activity / saliva secretion / Muscarinic acetylcholine receptors / Acetylcholine regulates insulin secretion / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle contraction / phosphatidylinositol phospholipase C activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway / ligand-gated ion channel signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / smooth muscle contraction / basal plasma membrane / calcium-mediated signaling / protein modification process / positive regulation of insulin secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / signaling receptor activity / nervous system development / basolateral plasma membrane / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, S. / Fay, J.F. / Roth, B.L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Molecular basis for selective activation of DREADD-based chemogenetics. 著者: Shicheng Zhang / Ryan H Gumpper / Xi-Ping Huang / Yongfeng Liu / Brian E Krumm / Can Cao / Jonathan F Fay / Bryan L Roth / 要旨: Designer receptors exclusively activated by designer drugs (DREADDs) represent a powerful chemogenetic technology for the remote control of neuronal activity and cellular signalling. The muscarinic ...Designer receptors exclusively activated by designer drugs (DREADDs) represent a powerful chemogenetic technology for the remote control of neuronal activity and cellular signalling. The muscarinic receptor-based DREADDs are the most widely used chemogenetic tools in neuroscience research. The G-coupled DREADD (hM3Dq) is used to enhance neuronal activity, whereas the G-coupled DREADD (hM4Di) is utilized to inhibit neuronal activity. Here we report four DREADD-related cryogenic electron microscopy high-resolution structures: a hM3Dq-miniG complex and a hM4Di-miniG complex bound to deschloroclozapine; a hM3Dq-miniG complex bound to clozapine-N-oxide; and a hM3R-miniG complex bound to iperoxo. Complemented with mutagenesis, functional and computational simulation data, our structures reveal key details of the recognition of DREADD chemogenetic actuators and the molecular basis for activation. These findings should accelerate the structure-guided discovery of next-generation chemogenetic tools. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ea0.cif.gz | 67.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ea0.ent.gz | 47.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ea0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ea0_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ea0_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ea0_validation.xml.gz | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ea0_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/8ea0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/8ea0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27970MC 8e9wC 8e9xC 8e9yC 8e9zC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62966.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRM3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P20309 |
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#2: 化合物 | ChemComp-IXO / |
#3: 化合物 | ChemComp-Y01 / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: hM3R / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2858 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 591814 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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