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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e7m | ||||||
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タイトル | Structure of the human ACE2 receptor in complex with antibody Fab fragment, 05B04 | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / ACE2 / antibody / SARS-CoV-2 / inhibition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / cilium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Barnes, C.O. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Human anti-ACE2 monoclonal antibodies as pan-sarbecovirus prophylactic agents 著者: Zhang, F. / Jenkins, J. / de Carvalho, R.V. / Nakandakari-Higa, S. / Chen, T. / Abernathy, M.E. / Nyakatura, E. / Andrew, D. / Lebedeva, I. / Lorenz, I.C. / Hoffmann, H.H. / Rice, C.M. / ...著者: Zhang, F. / Jenkins, J. / de Carvalho, R.V. / Nakandakari-Higa, S. / Chen, T. / Abernathy, M.E. / Nyakatura, E. / Andrew, D. / Lebedeva, I. / Lorenz, I.C. / Hoffmann, H.H. / Rice, C.M. / Victora, G.D. / Barnes, C.O. / Haziioannou, T. / Bieniasz, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e7m.cif.gz | 201.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e7m.ent.gz | 154.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8e7m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8e7m_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8e7m_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8e7m_validation.xml.gz | 48.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8e7m_validation.cif.gz | 69.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/8e7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/8e7m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27939MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 72306.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#2: 抗体 | 分子量: 23948.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#3: 抗体 | 分子量: 23549.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-糖 , 3種, 6分子
#4: 多糖 | #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: hACE2 + 05B04 Fab fragment / タイプ: COMPLEX 詳細: Complex between soluble ACE2 bound to 05B04 Fab fragment Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: .1 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6599 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2055266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 490485 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 112 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6VW1 Accession code: 6VW1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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