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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e6z | ||||||
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タイトル | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA/RNA / factor-dependent termination / Rho / transcription termination / transcription elongation complex / helicase / ATPase / TRANSFERASE-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() transcription elongation-coupled chromatin remodeling / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
![]() | Molodtsov, V. / Wang, C. / Ebright, R.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination. 著者: Vadim Molodtsov / Chengyuan Wang / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Richard H Ebright / ![]() 要旨: Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription- ...Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription-translation-coupling quality control in Escherichia coli. Here we report the preparation of complexes that are functional in factor-dependent transcription termination from Rho, NusG, RNA polymerase (RNAP), and synthetic nucleic acid scaffolds, and we report cryogenic electron microscopy structures of the complexes. The structures show that functional factor-dependent pre-termination complexes contain a closed-ring Rho hexamer; have RNA threaded through the central channel of Rho; have 60 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the exterior of Rho and 6 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the central channel of Rho; have Rho oriented relative to RNAP such that ATP-dependent translocation by Rho exerts mechanical force on RNAP; and have NusG bridging Rho and RNAP. The results explain five decades of research on Rho and provide a foundation for understanding Rho's function. #1: ![]() タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination 著者: Molodtsov, V. / Wang, C. / Firlar, E. / Kaelber, J.T. / Ebright, R.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 854.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 697.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 104.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 161.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27931MC ![]() 8e3fC ![]() 8e3hC ![]() 8e5kC ![]() 8e5lC ![]() 8e5oC ![]() 8e5pC ![]() 8e6wC ![]() 8e6xC ![]() 8e70C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 56
#1: DNA鎖 | 分子量: 18377.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 18446.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#4: タンパク質 | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#5: タンパク質 | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#6: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 7F
#3: RNA鎖 | 分子量: 11075.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#8: タンパク質 | 分子量: 20560.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#10: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 194518 / 対称性のタイプ: POINT |