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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e5p | ||||||
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タイトル | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/RNA / factor-dependent termination / Rho / transcription termination / transcription elongation complex / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP-dependent activity, acting on RNA / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Molodtsov, V. / Wang, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination. 著者: Vadim Molodtsov / Chengyuan Wang / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Richard H Ebright / ![]() 要旨: Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription- ...Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription-translation-coupling quality control in Escherichia coli. Here we report the preparation of complexes that are functional in factor-dependent transcription termination from Rho, NusG, RNA polymerase (RNAP), and synthetic nucleic acid scaffolds, and we report cryogenic electron microscopy structures of the complexes. The structures show that functional factor-dependent pre-termination complexes contain a closed-ring Rho hexamer; have RNA threaded through the central channel of Rho; have 60 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the exterior of Rho and 6 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the central channel of Rho; have Rho oriented relative to RNAP such that ATP-dependent translocation by Rho exerts mechanical force on RNAP; and have NusG bridging Rho and RNAP. The results explain five decades of research on Rho and provide a foundation for understanding Rho's function. #1: ![]() タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination 著者: Molodtsov, V. / Wang, C. / Firlar, E. / Kaelber, J.T. / Ebright, R.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 431.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 362 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27917MC ![]() 8e3fC ![]() 8e3hC ![]() 8e5kC ![]() 8e5lC ![]() 8e5oC ![]() 8e6wC ![]() 8e6xC ![]() 8e6zC ![]() 8e70C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 12912.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 47070.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0A0GPI6, ![]() #3: 化合物 | ChemComp-ADP / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-BEF / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 21 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 28 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成![]() | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 270373 / 対称性のタイプ: POINT |