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万見
- PDB-8e14: Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus strand transfer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8.0E+14
タイトルCryo-EM structure of Rous sarcoma virus strand transfer complex
要素
  • DNA (42-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
  • integraseインテグラーゼ
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA (ウイルス性) / intasome / integrase-viral DNA complex / strand transfer complex (逆転写酵素) / VIRAL PROTEIN-DNA complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Pandey, K.K. / Bera, S. / Shi, K. / Aihara, H. / Grandgenett, D.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI165081 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants for Rous sarcoma virus intasome assemblies involved in retroviral integration.
著者: Sibes Bera / Ke Shi / Hideki Aihara / Duane P Grandgenett / Krishan K Pandey /
要旨: Integration of retroviral DNA into the host genome involves the formation of integrase (IN)-DNA complexes termed intasomes. Further characterization of these complexes is needed to understand their ...Integration of retroviral DNA into the host genome involves the formation of integrase (IN)-DNA complexes termed intasomes. Further characterization of these complexes is needed to understand their assembly process. Here, we report the single-particle cryo-EM structure of the Rous sarcoma virus (RSV) strand transfer complex (STC) intasome produced with IN and a preassembled viral/target DNA substrate at 3.36 Å resolution. The conserved intasome core region consisting of IN subunits contributing active sites interacting with viral/target DNA has a resolution of 3 Å. Our structure demonstrated the flexibility of the distal IN subunits relative to the IN subunits in the conserved intasome core, similar to results previously shown with the RSV octameric cleaved synaptic complex intasome produced with IN and viral DNA only. An extensive analysis of higher resolution STC structure helped in the identification of nucleoprotein interactions important for intasome assembly. Using structure-function studies, we determined the mechanisms of several IN-DNA interactions critical for assembly of both RSV intasomes. We determined the role of IN residues R244, Y246, and S124 in cleaved synaptic complex and STC intasome assemblies and their catalytic activities, demonstrating differential effects. Taken together, these studies advance our understanding of different RSV intasome structures and molecular determinants involved in their assembly.
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年5月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / database_PDB_caveat / em_3d_fitting_list / em_software / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr / software
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
解説: Missing anisotropic B-factor / 詳細: updated model / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.22023年10月18日Group: Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: em_3d_fitting_list / em_entity_assembly_naturalsource ...em_3d_fitting_list / em_entity_assembly_naturalsource / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id ..._em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: integrase
B: integrase
C: integrase
D: integrase
E: integrase
F: integrase
G: integrase
H: integrase
I: DNA (42-MER)
J: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
L: DNA (42-MER)
M: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*C)-3')
N: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,71316
ポリマ－296,58314
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
integrase / インテグラーゼ


分子量: 30926.582 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1281-1558 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
株: Prague C / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE pLysS
参照: UniProt: P03354, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, ...参照: UniProt: P03354, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, リボヌクレアーゼH, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (42-MER)


分子量: 13047.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量: 6716.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4821.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RSV strand transfer complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.257 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 3000
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC3.1.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1811357
3次元再構成解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 30 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 5EJK

5ejk


Accession code: 5EJK / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00713072
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.12418426
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d27.2622829
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0682036
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061774

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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