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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dwx | |||||||||
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タイトル | Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab 506.C01 (asymmetric unit) | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | |||||||||
データ登録者 | Adams, L.J. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023 タイトル: A chikungunya virus-like particle vaccine induces broadly neutralizing and protective antibodies against alphaviruses in humans. 著者: Saravanan Raju / Lucas J Adams / James T Earnest / Kelly Warfield / Lo Vang / James E Crowe / Daved H Fremont / Michael S Diamond / 要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes epidemics of acute and chronic musculoskeletal disease. Here, we analyzed the human B cell response to a CHIKV-like particle- ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes epidemics of acute and chronic musculoskeletal disease. Here, we analyzed the human B cell response to a CHIKV-like particle-adjuvanted vaccine (PXVX0317) from samples obtained from a phase 2 clinical trial in humans (NCT03483961). Immunization with PXVX0317 induced high levels of neutralizing antibody in serum against CHIKV and circulating antigen-specific B cells up to 6 months after immunization. Monoclonal antibodies (mAbs) generated from peripheral blood B cells of three PXVX0317-vaccinated individuals on day 57 after immunization potently neutralized CHIKV infection, and a subset of these inhibited multiple related arthritogenic alphaviruses. Epitope mapping and cryo-electron microscopy defined two broadly neutralizing mAbs that uniquely bind to the apex of the B domain of the E2 glycoprotein. These results demonstrate the inhibitory breadth and activity of the human B cell response induced by the PXVX0317 vaccine against CHIKV and potentially other related alphaviruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dwx.cif.gz | 914.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dwx.ent.gz | 766.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dwx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dwx_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dwx_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dwx_validation.xml.gz | 128.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dwx_validation.cif.gz | 199 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/8dwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/8dwx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27765MC 8dwwC 8dwyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 12分子 ABCDMNOPQRST
#1: タンパク質 | 分子量: 47346.715 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 810-1248 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス) 株: 37997 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3 #2: タンパク質 | 分子量: 46858.312 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 330-748 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス) 株: 37997 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3 #3: タンパク質 | 分子量: 16458.701 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 111-261 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス) 株: 37997 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3 |
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-抗体 , 2種, 8分子 LUWYHVXZ
#4: 抗体 | 分子量: 11486.756 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | 分子量: 14082.700 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 1種, 12分子
#6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab 506.C01 (asymmetric unit) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 38.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 866369 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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