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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8djm | |||||||||
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タイトル | HMGCR-UBIAD1 Complex State 1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | Oxidoreductase/Immune System / Cholesterol / MEMBRANE PROTEIN / Oxidoreductase-Immune System complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin K biosynthetic process / : / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / prenyltransferase activity / coenzyme A metabolic process / menaquinone biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process ...vitamin K biosynthetic process / : / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / prenyltransferase activity / coenzyme A metabolic process / menaquinone biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / peroxisomal membrane / cholesterol biosynthetic process / antioxidant activity / negative regulation of protein secretion / NADPH binding / negative regulation of MAP kinase activity / electron transport chain / visual learning / negative regulation of protein catabolic process / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) Escherichia coli (大腸菌) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, H. / Qi, X. / Li, X. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Regulated degradation of HMG CoA reductase requires conformational changes in sterol-sensing domain. 著者: Hongwen Chen / Xiaofeng Qi / Rebecca A Faulkner / Marc M Schumacher / Linda M Donnelly / Russell A DeBose-Boyd / Xiaochun Li / 要旨: 3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGCR) is the rate-limiting enzyme in cholesterol synthesis and target of cholesterol-lowering statin drugs. Accumulation of sterols in endoplasmic ...3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGCR) is the rate-limiting enzyme in cholesterol synthesis and target of cholesterol-lowering statin drugs. Accumulation of sterols in endoplasmic reticulum (ER) membranes accelerates degradation of HMGCR, slowing the synthesis of cholesterol. Degradation of HMGCR is inhibited by its binding to UBIAD1 (UbiA prenyltransferase domain-containing protein-1). This inhibition contributes to statin-induced accumulation of HMGCR, which limits their cholesterol-lowering effects. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the HMGCR-UBIAD1 complex, which is maintained by interactions between transmembrane helix (TM) 7 of HMGCR and TMs 2-4 of UBIAD1. Disrupting this interface by mutagenesis prevents complex formation, enhancing HMGCR degradation. TMs 2-6 of HMGCR contain a 170-amino acid sterol sensing domain (SSD), which exists in two conformations-one of which is essential for degradation. Thus, our data supports a model that rearrangement of the TMs in the SSD permits recruitment of proteins that initate HMGCR degradation, a key reaction in the regulatory system that governs cholesterol synthesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8djm.cif.gz | 191.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8djm.ent.gz | 149.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8djm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8djm_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8djm_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8djm_validation.xml.gz | 45.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8djm_validation.cif.gz | 60.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27461MC 8djkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 41215.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: HMGCR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P00347, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 32780.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: Ubiad1, CgPICR_017873, H671_2g6271, I79_022097 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G3IEF0 |
#3: タンパク質 | 分子量: 13470.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0ABE7 |
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#4: 抗体 | 分子量: 23373.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#5: 抗体 | 分子量: 25175.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 2種, 8分子
#6: 化合物 | ChemComp-Y01 / #7: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) | ||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 8.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 215396 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.23→269.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.799 / SU B: 14.987 / SU ML: 0.22 / ESU R: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 139.858 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 7032 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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