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- PDB-8dcx: PI 3-kinase alpha with nanobody 3-159 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dcx
タイトルPI 3-kinase alpha with nanobody 3-159
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードTRANSFERASE / Phosphoinositide 3-kinase (PI3K) / activation / inhibition / nanobody / conformational changes / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


perinuclear endoplasmic reticulum membrane / response to muscle inactivity / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of actin filament organization / negative regulation of actin filament depolymerization / response to butyrate / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response ...perinuclear endoplasmic reticulum membrane / response to muscle inactivity / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of actin filament organization / negative regulation of actin filament depolymerization / response to butyrate / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / response to L-leucine / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / T follicular helper cell differentiation / interleukin-18-mediated signaling pathway / PI3K events in ERBB4 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / myeloid leukocyte migration / neurotrophin TRKA receptor binding / cellular response to hydrostatic pressure / positive regulation of focal adhesion disassembly / autosome genomic imprinting / Activated NTRK2 signals through PI3K / cis-Golgi network / negative regulation of fibroblast apoptotic process / Activated NTRK3 signals through PI3K / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / ErbB-3 class receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase complex / negative regulation of stress fiber assembly / TORC2 signaling / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / positive regulation of protein localization to membrane / vasculature development / RHOD GTPase cycle / regulation of cellular respiration / Nephrin family interactions / anoikis / RHOF GTPase cycle / Signaling by LTK / Signaling by LTK in cancer / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / kinase activator activity / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of leukocyte migration / MET activates PI3K/AKT signaling / RND1 GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / RND2 GTPase cycle / positive regulation of filopodium assembly / PI3K/AKT activation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / RND3 GTPase cycle / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase / growth hormone receptor signaling pathway / insulin binding / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / Signaling by ALK / cardiac muscle cell contraction / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / RHOV GTPase cycle / vascular endothelial growth factor signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR3 / RHOB GTPase cycle / natural killer cell mediated cytotoxicity / GP1b-IX-V activation signalling / response to dexamethasone / negative regulation of macroautophagy / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / negative regulation of osteoclast differentiation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOU GTPase cycle / RET signaling / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of anoikis / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / PI3K Cascade / T cell differentiation / RHOG GTPase cycle / intercalated disc / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of cell-matrix adhesion / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / regulation of multicellular organism growth / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain ...PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Rho GTPase activation protein / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hart, J.R. / Liu, X. / Pan, C. / Liang, A. / Ueno, L. / Xu, Y. / Quezada, A. / Zou, X. / Yang, S. / Zhou, Q. ...Hart, J.R. / Liu, X. / Pan, C. / Liang, A. / Ueno, L. / Xu, Y. / Quezada, A. / Zou, X. / Yang, S. / Zhou, Q. / Schoonooghe, S. / Hassanzadeh-Ghassabeh, G. / Xia, T. / Shui, W. / Yang, D. / Vogt, P.K. / Wang, M.-W.
資金援助 米国, 中国, 15件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA197582 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R50 CA243899 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81872915 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073904 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973373 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971362 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171439 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21704064 中国
Other government2018ZX09735 001
Other government2018ZX09711002 002 005
Other government2021ZD0203400
Other government2018YFA0507000
Other privateNNCAS 2017 1 CC
Other governmentZDKJ2021028
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Nanobodies and chemical cross-links advance the structural and functional analysis of PI3Kα.
著者: Jonathan R Hart / Xiao Liu / Chen Pan / Anyi Liang / Lynn Ueno / Yingna Xu / Alexandra Quezada / Xinyu Zou / Su Yang / Qingtong Zhou / Steve Schoonooghe / Gholamreza Hassanzadeh-Ghassabeh / ...著者: Jonathan R Hart / Xiao Liu / Chen Pan / Anyi Liang / Lynn Ueno / Yingna Xu / Alexandra Quezada / Xinyu Zou / Su Yang / Qingtong Zhou / Steve Schoonooghe / Gholamreza Hassanzadeh-Ghassabeh / Tian Xia / Wenqing Shui / Dehua Yang / Peter K Vogt / Ming-Wei Wang /
要旨: Nanobodies and chemical cross-linking were used to gain information on the identity and positions of flexible domains of PI3Kα. The application of chemical cross-linking mass spectrometry (CXMS) ...Nanobodies and chemical cross-linking were used to gain information on the identity and positions of flexible domains of PI3Kα. The application of chemical cross-linking mass spectrometry (CXMS) facilitated the identification of the p85 domains BH, cSH2, and SH3 as well as their docking positions on the PI3Kα catalytic core. Binding of individual nanobodies to PI3Kα induced activation or inhibition of enzyme activity and caused conformational changes that could be correlated with enzyme function. Binding of nanobody Nb3-126 to the BH domain of p85α substantially improved resolution for parts of the PI3Kα complex, and binding of nanobody Nb3-159 induced a conformation of PI3Kα that is distinct from known PI3Kα structures. The analysis of CXMS data also provided mechanistic insights into the molecular underpinning of the flexibility of PI3Kα.
履歴
登録2022年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,4462
ポリマ－211,4462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, gel filtration, cross-linking, immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / p110alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 127822.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PI3-kinase regulatory subunit alpha / PI3K regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory ...PI3-kinase regulatory subunit alpha / PI3K regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PI3-kinase subunit p85-alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 83623.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1, GRB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P27986

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alpha with nanobody 3-159 bound
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7PHENIX1.19.2-4158モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2882334
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240559 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 43.84 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 7MYN

7myn


Accession code: 7MYN / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 112.01 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00319828
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.565213247
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04151436
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00431693
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.14081275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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