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- PDB-8cte: Class 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex (Composite map) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cte
タイトルClass 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex (Composite map)
要素
  • Ammonium transporter Rh type A
  • Ankyrin-1
  • Aquaporin-1
  • Band 3 anion transport protein
  • Blood group Rh(CE) polypeptide
  • Glycophorin-A
  • Protein 4.2
キーワードTRANSPORT PROTEIN/STRUCTURAL PROTEIN / Membrane Protein / Anion Exchange / Erythrocyte / Glycoprotein / TRANSPORT PROTEIN-STRUCTURAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric descending thin limb development / metanephric proximal straight tubule development / metanephric proximal convoluted tubule segment 2 development / metanephric glomerulus vasculature development / hydrogen peroxide channel activity / nitric oxide transmembrane transporter activity / lipid digestion / methylammonium transmembrane transport / Defective RHAG causes regulator type Rh-null hemolytic anemia (RHN) / Rhesus blood group biosynthesis ...metanephric descending thin limb development / metanephric proximal straight tubule development / metanephric proximal convoluted tubule segment 2 development / metanephric glomerulus vasculature development / hydrogen peroxide channel activity / nitric oxide transmembrane transporter activity / lipid digestion / methylammonium transmembrane transport / Defective RHAG causes regulator type Rh-null hemolytic anemia (RHN) / Rhesus blood group biosynthesis / methylammonium transmembrane transporter activity / Rhesus glycoproteins mediate ammonium transport / cellular response to salt stress / renal water transport / corticotropin secretion / carbon dioxide transmembrane transport / renal water absorption / carbon dioxide transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transporter activity / secretory granule organization / ammonium homeostasis / water transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / cerebrospinal fluid secretion / positive regulation of saliva secretion / pancreatic juice secretion / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / spectrin-associated cytoskeleton / hemoglobin metabolic process / lateral ventricle development / positive regulation of organelle organization / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / potassium ion transmembrane transporter activity / pH elevation / Defective SLC4A1 causes hereditary spherocytosis type 4 (HSP4), distal renal tubular acidosis (dRTA) and dRTA with hemolytic anemia (dRTA-HA) / intracellular water homeostasis / negative regulation of urine volume / leak channel activity / NrCAM interactions / water transport / transepithelial water transport / Neurofascin interactions / water channel activity / Bicarbonate transporters / ammonium transmembrane transport / intracellular monoatomic ion homeostasis / ankyrin-1 complex / ammonium channel activity / glomerular filtration / CHL1 interactions / monoatomic anion transmembrane transporter activity / plasma membrane phospholipid scrambling / camera-type eye morphogenesis / cytoskeletal anchor activity / chloride:bicarbonate antiporter activity / fibroblast migration / multicellular organismal-level water homeostasis / solute:inorganic anion antiporter activity / cellular homeostasis / cellular hyperosmotic response / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / cell volume homeostasis / monoatomic anion transport / M band / hyperosmotic response / : / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity / odontogenesis / positive regulation of fibroblast migration / Interaction between L1 and Ankyrins / : / ankyrin binding / nitric oxide transport / hemoglobin binding / spectrin binding / erythrocyte maturation / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / erythrocyte development / cortical cytoskeleton / exocytosis / brush border / axolemma / transmembrane transporter activity / cellular response to dexamethasone stimulus / potassium channel activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / renal water homeostasis / COPI-mediated anterograde transport / ephrin receptor binding / spleen development / cellular response to retinoic acid / protein-membrane adaptor activity / cytoskeleton organization / sensory perception of pain
類似検索 - 分子機能
Aquaporin 1 / Blood group Rhesus C/E/D polypeptide / Glycophorin, conserved site / : / Glycophorin A / Glycophorin A signature. / Glycophorin / Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 ...Aquaporin 1 / Blood group Rhesus C/E/D polypeptide / Glycophorin, conserved site / : / Glycophorin A / Glycophorin A signature. / Glycophorin / Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / Ammonium transporter fold / Ammonium transporter AmtB like domains / Ankyrin, UPA domain / UPA domain / : / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Transglutaminase, N-terminal / Transglutaminase, C-terminal / Transglutaminase, active site / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, animal / Transglutaminase, C-terminal domain superfamily / : / Transglutaminase family / Transglutaminase family, C-terminal ig like domain / Transglutaminases active site. / Aquaporin transporter / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Transglutaminase-like superfamily / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Anion exchange protein 1 / Ammonium/urea transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Transglutaminase-like superfamily / Anion exchange protein / Anion exchange, conserved site / Anion exchangers family signature 1. / Anion exchangers family signature 2. / Band 3 cytoplasmic domain / Band 3 cytoplasmic domain / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Phosphotransferase/anion transporter / Bicarbonate transporter, eukaryotic / Bicarbonate transporter-like, transmembrane domain / HCO3- transporter integral membrane domain / Aquaporin-like / Ankyrin repeat / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-PIO / Glycophorin-A / Band 3 anion transport protein / Ankyrin-1 / Protein 4.2 / Blood group Rh(CE) polypeptide / Aquaporin-1 / Ammonium transporter Rh type A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Vallese, F. / Kim, K. / Yen, L.Y. / Johnston, J.D. / Noble, A.J. / Cali, T. / Clarke, O.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Architecture of the human erythrocyte ankyrin-1 complex.
著者: Francesca Vallese / Kookjoo Kim / Laura Y Yen / Jake D Johnston / Alex J Noble / Tito Calì / Oliver Biggs Clarke /
要旨: The stability and shape of the erythrocyte membrane is provided by the ankyrin-1 complex, but how it tethers the spectrin-actin cytoskeleton to the lipid bilayer and the nature of its association ...The stability and shape of the erythrocyte membrane is provided by the ankyrin-1 complex, but how it tethers the spectrin-actin cytoskeleton to the lipid bilayer and the nature of its association with the band 3 anion exchanger and the Rhesus glycoproteins remains unknown. Here we present structures of ankyrin-1 complexes purified from human erythrocytes. We reveal the architecture of a core complex of ankyrin-1, the Rhesus proteins RhAG and RhCE, the band 3 anion exchanger, protein 4.2, glycophorin A and glycophorin B. The distinct T-shaped conformation of membrane-bound ankyrin-1 facilitates recognition of RhCE and, unexpectedly, the water channel aquaporin-1. Together, our results uncover the molecular details of ankyrin-1 association with the erythrocyte membrane, and illustrate the mechanism of ankyrin-mediated membrane protein clustering.
履歴
登録2022年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月20日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年7月20日Data content type: Additional map / Part number: 4 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月20日Data content type: Additional map / Part number: 5 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月20日Data content type: Additional map / Part number: 6 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月20日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年5月21日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / em_software / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ankyrin-1
W: Band 3 anion transport protein
X: Protein 4.2
K: Blood group Rh(CE) polypeptide
L: Ammonium transporter Rh type A
Q: Ammonium transporter Rh type A
N: Glycophorin-A
D: Glycophorin-A
P: Band 3 anion transport protein
T: Band 3 anion transport protein
S: Aquaporin-1
O: Aquaporin-1
R: Aquaporin-1
M: Aquaporin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)879,44030
ポリマ－871,17914
非ポリマー8,26116
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 13分子 AWPTKLQNDSORM

#1: タンパク質 Ankyrin-1 / ANK-1 / Ankyrin-R / Erythrocyte ankyrin


分子量: 206522.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16157
#2: タンパク質 Band 3 anion transport protein / Anion exchange protein 1 / AE 1 / Anion exchanger 1 / Solute carrier family 4 member 1


分子量: 101883.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02730
#4: タンパク質 Blood group Rh(CE) polypeptide / Rh polypeptide 1 / RhPI / Rh30A / RhIXB / Rhesus C/E antigens


分子量: 45598.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18577
#5: タンパク質 Ammonium transporter Rh type A / Erythrocyte membrane glycoprotein Rh50 / Erythrocyte plasma membrane 50 kDa glycoprotein / Rh50A / ...Erythrocyte membrane glycoprotein Rh50 / Erythrocyte plasma membrane 50 kDa glycoprotein / Rh50A / Rhesus blood group family type A glycoprotein / Rh family type A glycoprotein / Rh type A glycoprotein / Rhesus blood group-associated ammonia channel / Rhesus blood group-associated glycoprotein


分子量: 44229.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02094
#6: タンパク質 Glycophorin-A / MN sialoglycoprotein / PAS-2 / Sialoglycoprotein alpha


分子量: 16348.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02724
#7: タンパク質
Aquaporin-1 / AQP-1 / Aquaporin-CHIP / Urine water channel / Water channel protein for red blood cells and kidney ...AQP-1 / Aquaporin-CHIP / Urine water channel / Water channel protein for red blood cells and kidney proximal tubule


分子量: 28788.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29972

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抗体 / 糖 , 2種, 3分子 X

#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 抗体 Protein 4.2 / P4.2 / Erythrocyte membrane protein band 4.2 / Erythrocyte protein 4.2


分子量: 77096.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16452

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非ポリマー , 3種, 14分子

#8: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#9: 化合物 ChemComp-AJP / Digitonin


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O29 / コメント: 可溶化剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate


分子量: 746.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Class 1 of erythrocyte ankyrin complex (composite map)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
詳細: Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v ...詳細: Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification.
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Ankyrin complex mixture purified from digitonin-solubilized erythrocyte ghost membranes
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 4-6 seconds, wait time 30 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 14464 / 詳細: Two grids were imaged in a single session.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
8PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正詳細: Patch CTF (cryoSPARC v3) followed by per particle defocus refinement and refinement of higher order aberrations (cryoSPARC v3)
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145465
詳細: Composite reconstruction; local refinements aligned to global consensus refinement, provided in additional maps.
対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00239723
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47354059
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.23314094
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0386408
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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